| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 837,233 | A→C | 11.0% | H154P (CAC→CCC) | Y75_RS04175 → | hydroxycarboxylate dehydrogenase HcXB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 837,233 | 0 | A | C | 11.0% | 273.7 / 2.2 | 97 | H154P (CAC→CCC) | Y75_RS04175 | hydroxycarboxylate dehydrogenase HcXB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/43); new base C (10/3); total (49/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCG‑C‑TTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATA‑ATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCA‑TTTG‑GCAAAACCCGCGT‑CGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATGCAGGAGTCGCCGTTGGGTTCGCTGTTGACCTTTGCC > NC_007779/836997‑837468 | agagGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCACg < 1:1212061/239‑1 (MQ=255) gCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGGTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTGTCTCTATCCCCTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCG‑C‑TTTGGCa < 1:496817/239‑1 (MQ=255) gCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCCCGGTCGCGACAGCCG‑C‑TTTGGCa < 1:1386664/239‑1 (MQ=255) gCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCG‑C‑TTTGGCa < 1:973439/239‑1 (MQ=255) tGGCGAGCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGTTGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCACATCAGCTCGGTCTTGCCGCCTTGGCGCTACATAACTCGCTGCATATCGGCCGTATCGTTTACTGGGCGGAGTAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTTTCTCTATCCACTTTGTTAGCTTGGTCGTTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCG‑C‑TTTGGCACCAAt < 2:2010041/238‑1 (MQ=255) cGATCGCGCATTTGGTCGGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAGCTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCG‑C‑TTTGGCACCAATCCg < 1:843793/238‑1 (MQ=255) cGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTCCTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGC‑GGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAAT‑GGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCG‑C‑TTTGGCCCCAATCCg < 1:1994537/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |