Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,243,025 | T→A | 8.1% | L208F (TTA→TTT) | Y75_RS06230 ← | potassium/proton antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 1,243,025 | 0 | T | A | 8.1% | 442.2 / 3.8 | 138 | L208F (TTA→TTT) | Y75_RS06230 | potassium/proton antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (98/26); new base A (2/10); total (102/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GCCCCAGCACCAGGAACATGGCGATTTGCGCCAGCCAGGCGAGGCCGTCGAAA‑TTTTGCAGGAT‑GCCGTAGCGGTTGCGAATAGGG‑CGATTACCCAGCAGAAAACCGC‑ACAGATACACCGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGACCAAATTGTTGCAGAATATCGACAATGAACATCCAGCTAATATTGCTCTCATGATGCTGGATCATCGCAATTAGGGTAATCGTCAGAAAGACCGCCATTGGATCATTACTGCCGGATTCAATTTCCAGCGTCGAGCCAACACGTTCGTTAAGCCCCTTACCACCCAGCAGAGAAAAGACCGCTGCAGCATCGGTAGAGCC > NC_007779/1242787‑1243261 | gCCCCAGCACCAGGAACATGGCGATTTGCGCCAGCCAGGCGAGGCCGTCGAAA‑TTTTGCAGGAT‑GCCGTAGCGGTTGCGAATAGGG‑CGATTACCCAGCAGAAAACCGC‑ACAGATACACCGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCagtagt > 1:2243244/1‑239 (MQ=255) aGCACCAGGAACATGGCGATTTGCGCCAGCCAGGCGAGGCCGTCGAAA‑TTTTGCAGGAT‑GCCGTAGCGGTTGCGAATAGGG‑CGATTACCCAGCAGAAAACCGC‑ACAGATACACCGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGCACATTTGCAGTAGTAAATa > 1:1155195/1‑239 (MQ=255) aGGAACATGGCGATTTGCGCCAGCCAGGCGAGGCCGTCGAAA‑TTTTGCAGGAT‑GCCGTAGCGGTTGCGAATAGGG‑CGATTACCCAGCAGAAAACCGC‑ACAGATACACCGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGCAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAAccgcc > 1:1227015/1‑239 (MQ=255) gaaaagtGGGGATTGGCGCCGGCAAGGGGGGCCGGTCAAAA‑TTTGGCAGGAG‑GCGGAGGCGGTGGCAAATAGGG‑CGATCCCCCGGAAAAAACCCCA‑AAAGAAACCCCGC‑CAA‑AACACCGCTCCTTC‑CCAGCGCAGTAGTAAAAGAAAAAACCAGAAGCCCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAAccg < 2:1702517/230‑1 (MQ=255) 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gccagGCGAGGCCGTCGAAA‑TTTTGCAGGAT‑GCCGTAGCGGTTGCGAATAGGG‑CGATTACCCAGCAGAAAACCGC‑ACAGATACACCGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGccc > 1:1990319/1‑239 (MQ=255) gccagGCGAGGCCGTCGAAA‑TTTTGCAGGAT‑GCCGTAGCGGTTGCGAAGAGGG‑CGATTACCCAGCAGAAAACCGC‑ACAGATACACCGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGAAAATAACCGCCGCCAAGAGCTATTACAATGccc > 1:1098033/1‑239 (MQ=255) accagGGGGGGGCGTCGAAATTTTTGCAGAAG‑GCCGT‑GGGGTTGGAAAAGGGGCCGTTTCCCAAGAAGAAACCCCC‑AAAAAAACCCCGA‑CAG‑ATGCCCGCCCCTTT‑CCAGCGAATTTGTTAATGAAAAAAAAAGAATCCCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGcc < 2:1568409/238‑1 (MQ=255) 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c‑acaGATACACCGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGACCAAATTGTTGCAGAATATCGACAATGAACATCCAGCTAATATTGCTCTCATGATGCTGGat > 1:1668085/1‑230 (MQ=255) ccGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGACCAAATTGTTGCAGAATATCGACAATGAACATCCAGCTAATATTGCTCTCATGATGCTGGATCATCGCAATTAGGGTAATc > 1:2123597/1‑239 (MQ=255) cGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTa > 1:82605/1‑146 (MQ=255) cGC‑CAG‑AATACCGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGACCAAATTGTTGCAGAATATCGACAATGAACATCCAGCTAATATTGCTCTCATGATGCTGGATCATCGCAATTAGGGTAATCg > 1:999857/1‑239 (MQ=255) 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< 2:398359/230‑1 (MQ=255) ccGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGAc > 1:2239579/1‑148 (MQ=255) ccGCTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGACCAAATTGTTGCAGAATATCGACAATGAACATCCAGCTAATATTGCTCTCATGATGCTGGATCATCGCAATTAGGGTAATCCTCAGAAAGa > 2:1651889/1‑238 (MQ=255) cTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGACCAAAt > 1:36337/1‑150 (MQ=255) cTACCTT‑CCAGCGCAGTAGTTAATGAGAAAATCAGAATACCGCCACTTAATGCCAGCAATGGATATAATCCGGCGGGCA‑GGGCGATGCGGTTGATCATTTGCAGTAGTAAATAACCGCCGCCAAGACCTATTACAATGCCCAGACCAAATTGTTGCAGAATATCGACAATGAACATCCAGCTAATATTGCTCTCATGATGCTGGATCATCGCAATTAGGGTAATCGTCAGAAAGACCg > 1:1197261/1‑238 (MQ=255) 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NC_007779/1242787‑1243261 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |