Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,303,712 | A→G | 100% | S273G (AGC→GGC) | oppA → | oligopeptide ABC transporter substrate‑binding protein OppA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 1,303,712 | 0 | A | G | 100.0% | 975.7 / NA | 262 | S273G (AGC→GGC) | oppA | oligopeptide ABC transporter substrate‑binding protein OppA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (122/140); total (122/140) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGC > NC_007779/1303476‑1303947 | cAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACGGc < 1:952714/239‑1 (MQ=255) 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ggTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACGGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGa < 1:368047/239‑1 (MQ=255) aaTATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACGGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACg < 1:926242/238‑1 (MQ=255) tCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACGGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGt > 2:2052724/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |