| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 249,538 | T→G | 42.3% | H187P (CAC→CCC) | flhA ← | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 249,538 | 0 | T | G | 42.3% | 37.1 / 23.6 | 64 | H187P (CAC→CCC) | flhA | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/21); new base G (21/7); total (36/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_007779/249304‑249772 | gTGGGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCg < 1:553146/238‑1 (MQ=255) gggCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGc < 1:876702/236‑1 (MQ=255) aGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGCGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCCGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCa > 1:552040/1‑238 (MQ=255) aCCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTTACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCCGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGCACAGCCAAAACGGCAGGGGGGGGCATCCCCGGt > 2:644609/1‑239 (MQ=255) gtgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCCGGTaccac > 1:836597/1‑238 (MQ=255) tgatttGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGACTGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTTAACCGCATAAACGGCC‑GGGGGCGCCAGCCCGGTaccagc > 1:861582/4‑236 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCCGACTTTCCGGGaccacc > 1:1300072/1‑238 (MQ=255) 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> 2:1500864/1‑238 (MQ=255) tCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCCGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCCGAACAGCAAAAACGGCC‑GGGGCGGCCTTCCCCGGGCCCCCCCCCCCCCCAACACAAACACCGGGGCGGGGGAGAGCACCCACCGGGCTGCCACCAGCCTGGTACGccgca > 2:1851615/1‑234 (MQ=255) cAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCCTTCCCGGTACCCCCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCCACCGGCTTGCCAGCAGCCGGGTACGCACGTCATg > 1:1541780/1‑239 (MQ=255) aCTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGCGCGGCATTCCCGGGACCACCCCCAGCCCGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCCGCAGCTGGTTACGCACGTCATggg > 1:1921830/1‑239 (MQ=255) 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cAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTg < 1:94302/160‑1 (MQ=255) aaaCGGCA‑GGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCATCACGAACATAATCCCGGGGGCGGGGTAGAGCACCCACGGGCTTGCCCGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGGGACGATAATCGCCGCCGCGGGGGAGAGCAGCAGGGGAGGGAGCTGCGCCACCCGGCCCTCCCCCAGGGTCATCAGCACATACCGCTGGAAGGGAGCACCGgcg > 2:648888/1‑238 (MQ=255) accGGCA‑GGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 1:1621496/237‑1 (MQ=255) accGGCA‑GGTGCGGCATCCCCGGTCCCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 2:240901/237‑1 (MQ=255) aaCGGCA‑GGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 1:1586026/239‑1 (MQ=255) aaCGGCA‑GGTGCGGCATCCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 1:559685/239‑1 (MQ=255) aaCGGCA‑GGGGGTGTATTCCCGGTCCCCCCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATTCTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 1:543185/239‑1 (MQ=255) cA‑GGGGCTGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAgg < 1:1089156/238‑1 (MQ=255) a‑GGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCCAGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACCGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCCCGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGagag > 1:15440/1‑155 (MQ=255) a‑GGTGCGGCATTCCCGGCACCCCCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGACGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGt < 1:1691765/238‑1 (MQ=255) | GTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAA‑CTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGT‑CGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_007779/249304‑249772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |