| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,307,857 | G→C | 7.5% | intergenic (+130/+585) | eco → / ← mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate dehydrogenase (quinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,307,857 | 0 | G | C | 7.5% | 180.5 / 8.6 | 78 | intergenic (+130/+585) | eco/mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate dehydrogenase (quinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/28); new base C (3/3); total (47/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.52e-02 | |||||||||||
GCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAG‑AGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACT‑GCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAG > NC_007779/2307619‑2308093 | gcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAG‑AGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACT‑GCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCgg < 1:206743/239‑1 (MQ=255) aGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAG‑AGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACT‑GCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTcg > 1:1534781/1‑238 (MQ=255) aGCTGCCGATCGTGGCGGATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAG‑AGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTACACT‑GCCGAGAGGAGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGACGGTCACGCCGCATCCTACATCCAAAGCCCAAGCCGGGTGCCTGAGGCTGCTCTGGCGCTTCTTAACAGGGCTACACCGCTGTTAGGTACGGCTCGCCggcggtgc > 2:1892911/1‑232 (MQ=255) ccGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAG‑AGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACT‑GCCGTG‑AGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAg > 1:1973591/1‑239 (MQ=255) 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ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:1572588/144‑1 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGc < 1:2053159/238‑1 (MQ=40) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCCCATCCCACACCCAACACCCCACCCGGGTTCCAGATGCg > 2:2053159/1‑238 (MQ=14) tGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca > 2:1572588/1‑144 (MQ=255) tGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCCCCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:734329/239‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 2:1695689/114‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg > 1:1695689/1‑114 (MQ=255) tCTTATCAGGCCGACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCt < 1:2081910/189‑1 (MQ=255) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGGAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 1:1679859/239‑1 (MQ=255) agtCAGGCCTCCCCCGCTGTGAAGTGCGCCCCCCCGTAGCTCGGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 2:115695/237‑1 (MQ=255) ttgggcgcTACACCGGCGTGACGGCCGGCCCCCGGGGGGTCAGGCAGGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 2:1819957/231‑1 (MQ=11) 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ccGCTGTGAACTGCGCCACCCCGTAGGTCAGAAAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTg < 1:1541507/239‑1 (MQ=25) cggggaggTGGGGCGCCCCATGGGTCAGACAGGGCGGTCACCCCCCATCCGACATCCAACGCCGGAGCCGGTTGCCGGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACTCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCt < 2:615293/231‑1 (MQ=11) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACCTCTCACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAgctgt > 1:1991891/1‑234 (MQ=255) 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GCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAG‑AGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACT‑GCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAG > NC_007779/2307619‑2308093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |