| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,308,248 | A→G | 11.4% | intergenic (+521/+194) | eco → / ← mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate dehydrogenase (quinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,308,248 | 0 | A | G | 11.4% | 94.6 / 8.0 | 44 | intergenic (+521/+194) | eco/mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate dehydrogenase (quinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/28); new base G (3/2); total (14/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.93e-02 | |||||||||||
CCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGA‑TGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATA‑TCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTT > NC_007779/2308020‑2308479 | ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 1:1374362/239‑1 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTCTCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCTCCGCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 1:619375/239‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:1493991/239‑1 (MQ=40) ggggcgTCTGATCAGGCGTACACCGCTGTGGAGTGCCCGCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACCCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCGGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:2171096/235‑1 (MQ=11) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCCGGCCTACACCCCTGTGAAGTGCCCCCCCCCCTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCCCCTCCGGCATCCTACCCCCCAACCCGCTGCCCGACGCTGGCCCGGCGCGTCTTTTCCGGcc > 2:1493991/1‑238 (MQ=11) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGGGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGGTAAGCCGCATCCGGCATCTAACGCCCAAGCCGGGTGCCTGAAGCCGCGCTGGCGCCGCCTATAAGGCCt > 1:225232/1‑239 (MQ=14) gCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 1:1655884/213‑1 (MQ=40) cGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 1:2104980/210‑1 (MQ=9) gcGAGACGGTGGCGGGATGGCACGCTGGC‑CGTAGTTAACGGGCCTCCACCGCCGTAAAGGGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCGGACATCTACCCCCCACGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCT‑AACGCCGAAGCCGGTTGc < 2:1248030/238‑1 (MQ=11) gCCTGATGCAACCCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTTTGAAGTGCTCCGCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGA‑TGCGACg < 1:1764890/239‑1 (MQ=16) tGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACCTCC‑TACCCCCCCGCCCGGTGCCTGC‑TGCGACGCTg > 1:1396498/1‑239 (MQ=11) 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tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGA‑TGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTAc < 1:1179110/238‑1 (MQ=255) gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCTTCCTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCCGA‑TGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAAAGCAata > 1:503936/1‑238 (MQ=255) gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGA‑TGCCACCCTGGCGCGTCTTATCCGCATACGCCACATCCGGCATAc > 2:721632/1‑204 (MQ=255) 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cATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCCACATCT‑AACGCCCGAGCCGGCTGCCTGA‑TGCGCCGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCACACCCTGCCGGATGTGGCGTATCATTACAAAGCAATC‑TCCGCCAcctctt > 2:845199/1‑239 (MQ=18) tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCCACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGC‑TGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATA‑TCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGt > 1:502244/1‑239 (MQ=255) tAACGACCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGA‑TGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTgg < 1:1476123/195‑1 (MQ=255) aCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGA‑TGCGACGCTgg < 2:2235348/145‑1 (MQ=37) 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CCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT‑CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCT‑AACGCCCGAGCCGGTTGCCTGA‑TGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATA‑TCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTT > NC_007779/2308020‑2308479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |