New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 3748324 | 3 (0.020) | 156 (0.950) | 90/424 | NT | 98.1% | pseudogene (657/873 nt) | tnaB | low affinity tryptophan permease TnaB |
? | NC_007779 | 4056220 = | NA (NA) | intergenic (‑209/+15) | Y75_RS25055/Y75_RS20055 | hypothetical protein/IS1‑like element IS1A family transposase |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
CGCACCTTCCTTAGAGAACACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/3748096‑3748324 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC > NC_007779/4056220‑4056454 aacagctaagTTAGAGAACACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACT < 2:1810245/229‑1 gctaagTTAGAGAACACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCA > 2:116513/7‑238 taagTTAGAGAACACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCC < 2:907286/231‑1 taagTTAGAGAACACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCC < 2:1167999/231‑1 agTTAGAGAACACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACT > 1:1809086/3‑231 GAGAACACCAGCAGCCAAAACTCGATAATGCCGAGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCATGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACAAGCGCCAGCAGCGCACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTCTCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 2:571937/1‑239 GAACACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATA < 1:1017156/238‑1 CACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGCGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 2:530549/1‑239 ACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT < 1:1594203/239‑1 ACCAGCAGGCAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTCCCAGGTAATGACCCCACCTTATTGTTAGgttt > 2:325451/1‑235 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2:1665015/237‑1 CAAAACTCGATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:1844662/237‑1 GATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:418608/229‑1 GATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 2:418608/1‑229 ATAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC > 1:910724/1‑238 TAATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC < 2:147306/239‑1 ATGCCGTGCTGTTTGGTGCCGAGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGA < 2:438098/239‑1 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AGGAACGATTTCACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCC > 1:1164680/1‑238 ACCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGA < 1:1507304/239‑1 CCAGCGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 2:691548/1‑191 CGAATCAACGTTGCCGCCTGAGGAGATAATCGCCTTAAAGCTTTCTCGCGGAATATTCCCCATGGTGCAATAGAGCCAGAAGAGATAAATCACCAGCGCCAGCAGCGAACCAAATACCACGCTTTTGATTAACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAC > 2:1631811/1‑239 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AACTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGAATCATACAGCGGCCAGCCA > 2:1356382/1‑238 CTTATCTTTGCGTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCC > 2:1336926/1‑239 ttgaaatcaaaTCCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCA < 1:152000/228‑1 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caaaTCCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATAT < 2:269445/235‑1 GTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATAT < 1:953072/239‑1 GTTTTCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATA > 1:1689346/1‑238 aaTCCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATC > 1:217888/3‑238 TCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGTTAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC < 1:325451/239‑1 TCCAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC < 2:898858/239‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |