New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 2063152 = | 102 (0.620) | 58 (0.360) | 45/422 | NT | 36.4% | intergenic (‑101/+1) | cbl/nac | HTH‑type transcriptional regulator Cbl/nitrogen assimilation transcriptional regulator |
? | NC_007779 | 2176984 = | NA (NA) | intergenic (‑4/‑31) | gatA/Y75_RS10980 | PTS galactitol transporter subunit IIA/IS5‑like element IS5 family transposase |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GATGCCAAGTTCATCCTCCAGTTCCCGAATATGACGGCTGACGCCTGACTGTGAGGTAAAAAGCATATTCGCAACCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCTTTTTTCCATCACTGGAGAACTAATCACTGACATTAACAACTCTTTCACTGCCTGTGCCTGTGGCGATAAGTTCGCTCTGGCGGGTAAATTTAATGACAAAGAGAGACTCATGGAAGGAGTGGTAATGCGTGACATCCACCCATTTACTGCGCCACATAACGAACGCGCGGCCGATTCGGGTAATACTGCAACGCCCATGCCGCTGGCAATCGCT > NC_007779/2062914‑2063390 | cagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaagcatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcc > 2:358005‑M1/239‑239 (MQ=255) cagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgccccttcc > 2:1820231‑M1/239‑239 (MQ=255) cagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcc > 1:1099479‑M1/239‑239 (MQ=255) cagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcc > 1:1182305‑M1/239‑239 (MQ=255) cagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcc > 1:437517‑M1/239‑239 (MQ=255) cagcggataaggtcgccggccagtaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaagcatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcc > 2:299747‑M1/239‑239 (MQ=255) agcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 2:267297‑M1/2‑1 (MQ=255) agcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 2:311280‑M1/2‑1 (MQ=255) agcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 2:450456‑M1/2‑1 (MQ=255) agcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccacgttttgccctggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcccttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagtttatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 2:1310495‑M1/2‑1 (MQ=255) ggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:795376‑M1/235‑236 (MQ=255) ggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:1449413‑M1/235‑236 (MQ=255) ggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTa > 1:1306361‑M1/235‑238 (MQ=255) ggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTa > 1:1760214‑M1/235‑238 (MQ=255) ggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTAg > 1:49874‑M1/235‑239 (MQ=255) aaGTTCATCCTCCAGTTCCCGAATATGACGGCTGACGCCTGACTGTGAGGTAAAAAGCATATCCGCAACCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGgg < 1:598636‑M1/239‑3 (MQ=255) aaggtccgcggccattaccagccttggagtaaaacggcacgatgtcttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctgttctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTAGCTCa > 2:62729‑M1/231‑239 (MQ=255) ccattacctgccttggagtaaaacggctcgattgcttccaccatgttttgccatggcagaatcggctccatgctggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgcctcatgatgaaccctgttatatggctccagatgacaaacatgatctcatcccagggacttcttagcacgttccttagctcatgtttatgct > 2:1514973‑M1/220‑228 (MQ=255) gAATATGACGGCTGACGCCTGACTGTGAGGTAAAAAGCATATTCGCAACCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCttt > 2:1197899/1‑239 (MQ=255) cGGCTGACGCCTGACTGTGAGGTAAAAAGCATATTCGCAACCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCTTTTTTCCAt < 1:931255/238‑1 (MQ=255) ggCTGACGCCTGACTGTGAGGTAAAAAGCATATTCGCAACCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCTTTTTTCCATCa < 1:1661532/239‑1 (MQ=255) gCCTGACTGTGAGGTAAAAAGCATATTCGCAACCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCTTTTTTCCATCACTGgaga < 1:1603647/239‑1 (MQ=255) 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atTCGCAACCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCTTTTTTCCATCACTGGAGAACTAATCACTGACATTaacaac > 2:551905/1‑237 (MQ=255) aaCCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCTTTTTTCCATCACTGGAGAACTAATCACTGACATTAACAACTCTTTCa < 1:869726/238‑1 (MQ=255) aCCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCCAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagcc > 2:858078‑M1/1‑170 (MQ=255) gcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTAGCTCACCAATTGCCACTGCCTTTTTTCCAt < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |