New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 4056221 = | NA (NA) | 160 (0.980) | 81/422 | NT | 97.6% | intergenic (‑210/+14) | Y75_RS25055/Y75_RS20055 | hypothetical protein/IS1‑like element IS1A family transposase |
? | NC_007779 | 4370787 = | 4 (0.020) | pseudogene (667/1304 nt) | Y75_RS21600 | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter |
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
AGGATACAAATACAGGCGCTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGATTTCAATCTGCTTTTCACCGCGCAGTTCAACCAGGCCCTCTTCCAGACGCTTGCGATAAATCGGATCGTCAGAGAGTTTGGAGTTGAACAGCATAGTGACCAGGAAGGACATCACCAGAACCGCCAGCAGGGTGGACGGGATGACCACGGAGAGCAGATGGAGGTAGCTGATGCCATGACCTTCCATCACGGAAGACATGTAAACCACTGCCGCTGAGATTGGCGA > NC_007779/4370550‑4371022 | ggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgatttccgcctgaaggggaagctgcacgtaatcagcaagcgctatacgcagcgagttgagcggcataacctgaacctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaatatcggaggatctgcacgacaaagtcatggggccttatctgaacataaaacactatcaataagttggagacattacccact > 2:968610‑M2/235‑236 (MQ=255) ggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattacccact > 1:108786‑M2/235‑236 (MQ=255) ggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattacccact > 1:248516‑M2/235‑236 (MQ=255) cAGGCGCTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtga < 1:1597336‑M2/239‑6 (MQ=255) cAGGCGCTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtga < 2:1493294‑M2/239‑6 (MQ=255) ggCGCTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgat < 1:124392‑M2/238‑7 (MQ=255) gcgcTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgat < 1:1206453‑M2/237‑7 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |