| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,248,798 | G→A | 7.4% | R436C (CGT→TGT) | cirA ← | catecholate siderophore receptor CirA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,248,798 | 0 | G | A | 7.4% | 548.7 / 26.2 | 174 | R436C (CGT→TGT) | cirA | catecholate siderophore receptor CirA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/81); new base A (6/7); total (86/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGTCTCAAAACCAACAAAGTTTTGGTAGCCCGGTGCAGCGTTGACGTCAGACGTACGGCTGATGCTGATACGATCTTTCACATCGTTACGGAAAACGGTAACGCTGGATTCAACCCCTTCCAGCCAGCCTTCTTCACCCATGTAGTAAAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGCGGCTCGAAGATCCGCCATTCATCTTCCACAAACAGCGCGTACTGGCTGGCAGA > NC_007779/2248561‑2249032 | tGCGCCGTCCGTTAGCGCCCGTCTCAAAACCAACAAAGTTTTGGTAGCCCGGTGCAGCGTTGACGTCAGACGTACGGCTGATGCTGATACGATCTTTCACATCGTTACGGAAAACGGTAACGCTGGATTCAACCCCTTCCAGCCAGCCTTCTTCACCCATGTAGTAAAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACg > 1:994376/1‑238 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |