Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_007779 | 2,527,901 | T→A | 5.0% | D8V (GAT→GTT) | xapR ← | DNA‑binding transcriptional regulator XapR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 2,527,901 | 0 | T | A | 5.0% | 424.6 / 8.0 | 114 | D8V (GAT→GTT) | xapR | DNA‑binding transcriptional regulator XapR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/75); new base A (4/2); total (37/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.59e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CCGAGCCAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGATCTGTTCTGTATACGCGTTCCATAATTAAGTGCTCCATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATCCGACATACATAAACACAATGGATAATATACCCGGTAATACATTTGGTACAGGAATAGGCAAGCGCACGATTGTAAACAAAGCACCAATACCAAAACCAACGCCGGAAGAAAATAAAATATCTTTCACTAATTAACCTTT > NC_007779/2527663‑2528134 | cctagacAATTCATTATTACAATTCCGCATCAATCGACCGGCTTCTTCCATCAAGATGTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATAGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATGTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCTCTGCTGCTCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAt < 2:1183428/233‑1 (MQ=255) ccGAGCCAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAt < 1:364180/239‑1 (MQ=255) ccGAGCCAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAt < 1:1485348/239‑1 (MQ=255) ccGAGCCAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAt < 2:469671/239‑1 (MQ=255) gCCAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAtctgt > 1:1580324/1‑239 (MQ=255) gCCAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAtctg < 1:403327/238‑1 (MQ=255) gCCAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAtctg < 1:145557/238‑1 (MQ=255) cattACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAtctgtt < 2:1105022/235‑1 (MQ=255) cAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAtctgtt < 1:781775/238‑1 (MQ=255) cAATACATTATTAGCATTCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGAtctgtt < 2:779326/238‑1 (MQ=255) 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tCACCAGCAATCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGATCTGTTCTGTATACGCGTTCCATa < 2:18332/239‑1 (MQ=255) aaTCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGATCTGTTCTGTATACGCGTTCCATAATTAAGTg < 1:307618/239‑1 (MQ=255) tCGACGCGATTCTTCCATCAAGATTTTGCCCGCGTGTGTCAGTACGACGCTGCGCGAATGGCGAATAAAAAGCTGCGTGCCGAGTTGATTTTCCAGCTCTTTAATATGAATGCTGAGCGGAGGCTGAGACATATTTAAACGCGCTGCTGCGCGGCCAAAATGCAACTCTTCCGCTACGGCAAGAAAATAACGGAGCAACTTAAGATCTGTTCTGTATACGTGTTCCATAATTAAGTGCt < 1:113811/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |