Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_007779 | 2,660,496 | A→T | 73.9% | C98S (TGC→AGC) | iscR ← | Fe‑S cluster assembly transcriptional regulator IscR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 2,660,496 | 0 | A | T | 73.9% | 430.5 / 190.9 | 230 | C98S (TGC→AGC) | iscR | Fe‑S cluster assembly transcriptional regulator IscR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/26); new base T (91/78); total (125/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACCATTTTTACGCAGACGGGAAAACAGTTGTTCCAGATAAGAAAGGGAAATTCCCTGACGTTCGGAAATATCAGCCAACGGTACCGGGCCCGCTTCAGAGTT > NC_007779/2660259‑2660730 | ggAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCa > 1:1739322/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |