Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 2,664,592 | A→G | 8.2% | T168A (ACG→GCG) | csiE → | stationary phase inducible protein CsiE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 2,664,592 | 0 | A | G | 8.2% | 466.1 / 22.0 | 152 | T168A (ACG→GCG) | csiE | stationary phase inducible protein CsiE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/58); new base G (7/7); total (87/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATCCGCTCCAACGTCGCTGGGCGGAATCCTGCCTTGAATTTCAGGTAGCGCAGGAAATTGGACGCCACTGGCAGCGTCGGGCGCTCCAGCCTGTACCACCTGATGAGCCACTGTTTATGGCACTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCATTGCGGGATGCGCATCAGCGGGACAGACAATTGCGTCAGTCTATCAAACGTCTGGTAAACCATTTTCGTGA > NC_007779/2664354‑2664830 | tCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTa < 2:897598/239‑1 (MQ=255) 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ggTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATcc > 2:1338898/1‑239 (MQ=255) ggTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATc < 1:242128/238‑1 (MQ=255) ccGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTTTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATCCGCTCCAACGTCGCt < 1:1661500/238‑1 (MQ=255) aTTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATCCGCTCCAACGTCGCTGGGCgg > 2:479229/1‑239 (MQ=255) attaCCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATCCGCTCCAACGTCGCTGGGCGGAAt > 1:722248/1‑238 (MQ=255) attaCCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATCCGCTCCAACGTCGCTGGGCGGAAt > 2:508836/1‑238 (MQ=255) gCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCt < 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TCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAATTACGCCTCAGTTTAATCCGCTCCAACGTCGCTGGGCGGAATCCTGCCTTGAATTTCAGGTAGCGCAGGAAATTGGACGCCACTGGCAGCGTCGGGCGCTCCAGCCTGTACCACCTGATGAGCCACTGTTTATGGCACTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCATTGCGGGATGCGCATCAGCGGGACAGACAATTGCGTCAGTCTATCAAACGTCTGGTAAACCATTTTCGTGA > NC_007779/2664354‑2664830 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |