Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 2,763,433 | T→C | 22.7% | N126S (AAC→AGC) | Y75_RS13760 ← | anti‑bacteriophage protein AbpA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 2,763,433 | 0 | T | C | 22.7% | 375.2 / 103.5 | 180 | N126S (AAC→AGC) | Y75_RS13760 | anti‑bacteriophage protein AbpA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/73); new base C (22/19); total (88/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CACCAAATGTCTTCGGCGACGGTTTCGGAACTGAGAATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTTGATCCCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAGGTCAGACTCACACTGCATTGATTTGTGCAAAATTGAACTGCAGGGGATCGTCTTTTTATCAGCACCTTTTGAATTCTGAACGATGTCCGAAATGTTCCAACGTGTTTTGCCGGTGCTTTTTACCTGAACGAAGTCGATGTATCCATCAGATACAATG > NC_007779/2763196‑2763669 | cAAATGTCTTCGGCGACGGTTTCGGAACTGAGAATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTTGATCCCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTgg > 1:1192852/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |