| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,715,545 | T→G | 63.5% | G18G (GGT→GGG) | atpE → | F0F1 ATP synthase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,715,545 | 0 | T | G | 63.5% | 238.3 / 237.1 | 189 | G18G (GGT→GGG) | atpE | F0F1 ATP synthase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/32); new base G (60/60); total (97/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.62e-10 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGCAAGCCTTCATCTTCATGGTTCTGACGATCGTCTATCTGTCGATGGCGTCTGAAGAACATTAATTTACCAACACTACTACGTTTTAACTGAAACAAACTGGAGACTGTCATGGAAAACCTGAATATGGATCTGCTGTACATGGCTGCCGCTGTGATGATGGGTCTGGCGGCAATCGGTGCTGCGATCGGTATCGGCATCCTCGGGGGTAAATTCCTGGAAGGCGCAGCGCGTCAACCTGATCTGATTCCTCTGCTGCGTACTCAGTTCTTTATCGTTATGGGTCTGGTGGATGCTATCCCGATGATCGCTGTAGGTCTGGGTCTGTACGTGATGTTCGCTGTCGCGTAGTAAGCGTTGCTTTTATTTAAAGAGCAATATCAGAACGTTAACTAAATAGAG > NC_007779/3715307‑3715782 | tGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGCAAGCCTTCATCTTCATGGTTCTGACGATCGTCTATCTGTCGATGGCGTCTGAAGAACATTAATTTACCAACACTACTACGTTTTAACTGAAACAAACTGGAGACTGTCATGGAAAACCTGAATATGGATCTGCTGTACATGGCTGCCGCTGTGATGATGGGt < 1:1532287/239‑1 (MQ=255) cGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGCAAGCCTTCATCTTCATGGTTCTGACGATCGTCTATCTGTCGATGGCGTCTGAAGAACATTAATTTACCAACACTACTACGTTTTAACTGAAACAAACTGGAGACTGTCATGGAAAACCTGAATATGGATCTGCTGTACATGGCTGCCGCTGTGATGATGGGTCTGGCGGCAAt < 1:649568/239‑1 (MQ=255) ggATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGCAAGCCTTCATCTTCATGGTTCTGACGATCGTCTATCTGTCGATGGCGTCTGAAGAACATTAATTTACCAACACTACTACGTTTTAACTGAAACAAACTGGAGACTGTCATGGAAAACCTGAATATGGATCTGCTGTACATGGCTGCCGCTGTGATGATGGGGCTGGCGGCAATCGGTGCTGCGAt < 1:838800/236‑1 (MQ=255) ggATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGCAAGCCTTCATCTTCATGGTTCTGACGATCGTCTATCTGTCGATGGCGTCTGAAGAACATTAATTTACCAACACTACTACGTTTTAACTGAAACAAACTGGAGACTGTCATGGAAAACCTGAATATGGATCTGCTGTACATGGCTGCCGCTGTGATGATGGGGCTGGCGGCAATCGGTGCTGCGAt < 1:832006/236‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |