| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 3,820,133 | G→A | 31.2% | A297T (GCA→ACA) | ligB → | NAD‑dependent DNA ligase LigB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 3,820,133 | 0 | G | A | 31.2% | 199.1 / 130.1 | 141 | A297T (GCA→ACA) | ligB | NAD‑dependent DNA ligase LigB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/53); new base A (27/17); total (71/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TCTGGGCGTTTTTGTCTGGGCATGGCCGGATGGACCGCAGTTAATGTCTGATCGTTTAAAAGAGCTGGCTACCGCAGGTTTTACTCTAACGCAG‑ACGTATACCCGTGCGGTGAAAAATGCTGATGAAGTT‑GCGCGCGTACGCAATGAGT‑GGTGGAAAGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAGCGGCGAAAGAGCCAGAATCCCGCCATTGGCTACCGGGCCAGGCAGAGTGGCT‑GGTGGCCTGGAAATATCAACCTGTAGCTCAGGTTGCCGAAGTGAAGGCAATTCAGTTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTTGCGTCACTCGCACCTGTC‑ATGCTGGATGATAAAAAAGTCCAGCGGGTGAATATTGGTTCCGTCAGGCGCTGGCAGGAGTGGGATATTGCGCCTGGTGATCAGATTCTCGTCAGCCTTGCCGGTCAGGGTAT > NC_007779/3819895‑3820365 | tctGGGCGTTTTTGTCTGGGCATGGCCGGATGGACCGCAGTTAATGTCTGTTCGTTTAAAAGAGCTGGCTACCGCAGGTTTTACTCTAACGCAG‑ACGTATACCCGTGGGGTGAAAAATGCTGATGAAGTT‑GCGCGCGTACGCAATGAGT‑GGTGGAAAGCGGAATTCCCCTTCGTCCCCGAGGGCGTAGTTGTACGAGCGGCGAAAGAGCCAGAATCCCGCCATTGGCTACCGGGCCAgg < 1:1066253/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |