| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,857,502 | T→G | 18.9% | V250G (GTG→GGG) | gpsA → | NAD(P)H‑dependent glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,857,502 | 0 | T | G | 18.9% | 156.0 / 8.1 | 92 | V250G (GTG→GGG) | gpsA | NAD(P)H‑dependent glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/35); new base G (17/2); total (55/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCACTGCGGCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCTCGGT‑CAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGAAAGAAGTCCGCGAACTGGCGCATCGCTTCGGCGTTGAAATGCCAATAACCGAGGAAATTTATCAAGTATTATATTGCGGAAAAAACGCGCGCGAGGCAGCATTGA > NC_007779/3857265‑3857729 | tgcACTGCGGCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGt > 1:273033/1‑238 (MQ=255)tgcACTGCGGCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTg < 1:1130471/239‑1 (MQ=255) aCTGCGGCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCt < 1:270448/238‑1 (MQ=255) aCTGCGGCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCt < 1:1357279/238‑1 (MQ=255) cGGCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCGTa > 1:1224836/1‑236 (MQ=255) ggCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCt < 1:1577423/238‑1 (MQ=255) ggCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCt < 1:1223777/238‑1 (MQ=255) ttCCGCGTTTATAGCAGTCCGGATTTCATGGGCGTGCAGATTGGCGGTCTGGGGAAAACCGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGGCCGACGGTTTCGGTTTTGGTGGGAATGCGCGTACGGCGCTGATCGCCTGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCTGCTTGGTGCGGCGCTGCGTGCCGATGCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGGTCTGGTGCTTGCCG‑GTACCGAc < 2:667707/237‑1 (MQ=255) ttCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGAc < 1:1663622/237‑1 (MQ=255) ttCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGAc < 1:1111792/237‑1 (MQ=255) 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tGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCG‑TTGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGACAACCAGTCGCGGAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCt > 1:1789410/1‑238 (MQ=255) tGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCG‑TGGCGGTCTGGTGCCTACCT‑GTGACGACAACCAGGCGCGGAACCGCC‑GTGTTGGCATGGTGGCCGGT‑CCgg > 2:196110/1‑239 (MQ=255) cggcgCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCTCGGT‑CAGGGCa > 1:185187/1‑239 (MQ=255) 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ttGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCTCGGT‑CAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGagaag > 1:1247091/1‑239 (MQ=255) tCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCTCGGT‑CAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGGCAggtggg > 1:158620/1‑238 (MQ=255) cGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCTCGGT‑CAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGGGGGGGGAg > 1:1824199/1‑239 (MQ=255) 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gggCGTTCTGGTGCTTCCCT‑TTCCCGAAAACAGGTGGGATAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCTCGGT‑CAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGAAAGAAGTCCGCGAACTGGCGCATCGCTTCGGCGTTGAAATGCCAATAACCGAGGAAATTTATCAAGTATTATATTGCGGAAAAAACGCGCGCGAGGCAGCATTGa < 2:409602/238‑1 (MQ=255) | TGCACTGCGGCAAAAGTTTCCGCGTTTACAGCAATCCGGATTTCATTGGCGTGCAGCTTGGCGGCGCGGTGAAAAACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCT‑TGGCGATCTGGTGCTTACCT‑GTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCC‑GTTTTGGCATGATGCTCGGT‑CAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGAAAGAAGTCCGCGAACTGGCGCATCGCTTCGGCGTTGAAATGCCAATAACCGAGGAAATTTATCAAGTATTATATTGCGGAAAAAACGCGCGCGAGGCAGCATTGA > NC_007779/3857265‑3857729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |