Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,908,726 | G→T | 14.9% | Q187K (CAA→AAA) | Y75_RS19370 ← | D‑xylose ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,908,726 | 0 | G | T | 14.9% | 472.6 / 11.8 | 168 | Q187K (CAA→AAA) | Y75_RS19370 | D‑xylose ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/94); new base T (26/2); total (72/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GTTTATACACCGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGTTAGCGCGTTTTCCATAATTTTCAATGCGTTTTCCGGTAACCAG‑CCAT‑CAACCCATT‑GGT‑CACCAACGACTTTAA‑TTTTTCCGGAATCAACG‑TAAGGTTTTAACACTTTCATTTGTCCGGCGC‑GGAACAGCTTGGCGTTGTTATCTACCGGCGAGCCGCCCATCAGGAAGTAATTACCTTGCGGAACAATATCGACCAG‑GGCTTTTGCCTGCAGTTCACCGACTTTTTCGTTATCGAAAGAAATATAAAAATCGATATCCGCATCGTTAATCATACGGTCGTAAGCTAATACTTTA > NC_007779/3908489‑3908964 | ttATACACCGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGTTAGCGCGTTTTCCATAATTTTCAATGCGTTTTCCGGTAACCAG‑CCAT‑CAACCCATT‑TGT‑c > 1:604232/1‑239 (MQ=255) tataCACCGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGTTTTCGCGTTTTTCATAAATTTCAATGAGTTTTTCTGGGACCCG‑CCCT‑CAAACCCTT‑TGT‑c > 2:1311129/1‑238 (MQ=255) tataCACCGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGTTAGCGCGTTTTTCTTAATTTTTAATTGGTTTTTCGGTAACCAG‑CCAT‑CAACCCCTT‑TGT‑c > 2:1765195/1‑238 (MQ=255) cacCGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGTTAGCGCGTTTTCCATAATTTTCAATGCGTTTTCCGGTAACCAG‑CCAT‑CAACCCATT‑GGT‑CACCaa < 2:1435306/239‑1 (MQ=255) cGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGTTAGCGCGGTTTTCATAATTTTTTATGCGTTTTTCGGTAACCAG‑CCCT‑CAACCCCTT‑GGT‑TACCaaag > 1:501932/1‑236 (MQ=255) cGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGCTTGCGCGTTGTCTCTAATTTTTAATGCGTTTTTTGGTTATCAG‑CACT‑CAACCCCTT‑GGT‑CATCAACg > 2:862365/1‑238 (MQ=255) tCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGC‑GGTTTGCGCGTTTTTCATAATTTTCAATGCGTTTTTCGGTAACCAG‑CCAC‑TAAACCATT‑TTG‑CACCAAcca > 2:934382/1‑235 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |