Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,935,497 | A→G | 11.1% | G291G (GGA→GGG) | dppB → | dipeptide ABC transporter permease DppB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,935,497 | 0 | A | G | 11.1% | 383.8 / 2.5 | 138 | G291G (GGA→GGG) | dppB | dipeptide ABC transporter permease DppB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/93); new base G (18/2); total (42/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CTATTCCGCTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCGATTCTGACCGAAACCATCTTCT‑CGTGG‑CCCGGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAACGCCGCGACTATCCGGTAGTGCAGGGCGGCGTATTGCTGGTGGCGACGATGATTATCCTCGTCAACTTGCTGGTCGATCTGCTGTACGGCGTGGTGAACCCGCGTATTCGTCATAAGAAGTAAGGGGACATCATGTCACAGGTTACTGAAAATAAAGTGATTAGCGCACCGGTGCCGATGACCCCGTTACAGGAGTTCTGGCACTATTT > NC_007779/3935265‑3935730 | cTATTCCGCTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCGATTCTGACCGAAACCATCTTCT‑CGTGG‑CCCGGTCTGGGACGCTgg < 1:237911/239‑1 (MQ=255) cTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGGGGTTCTGACCGGAACCATCTTCT‑CGTGG‑GCCGGTCTGGGGCGCCGGgtggttg > 1:225604/1‑238 (MQ=255) gCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGGGGTTCTTACCGAAAACAACTTCTCCTTGG‑CCCGG‑CTGGGGCGCCGGGTGATTTACg > 1:1137057/1‑238 (MQ=255) gCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCGATTCTGACCGAAACCATCTTCT‑CGTGG‑CCCGGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAAcgc < 1:113705/238‑1 (MQ=255) 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acGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGGGGTTTTTACCCAAACCACCTTCT‑CGTGGCCCCGGCCTGGG‑CGCTGGGTTGTTGTAGCCCTGCAAcgcccccccgca > 2:1623461/1‑230 (MQ=255) tcctcGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGGGGTTCTGACCGCAACCATCCTCT‑CGTGG‑GCCGGGCTGGGGCGCTGGTTGGTTGACGCCCCGCAAcgccgccgctctcccgg > 2:894865/1‑228 (MQ=255) tcctcGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCGAGTCTGACCGGAACCCTCTTCT‑CGTGG‑CCCGGGCTGTGGCGCCGGTTGTTTTACGTACTGCAACCCcgcgcccctcccgc > 2:1541587/1‑229 (MQ=255) 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tGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCGATTCTGACCGAAACCATCTTCT‑CGTGG‑CCCGGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAACGCCGCGACTATCCGGTAGTGCAggg < 1:811923/238‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCGATTCTGACCGAAACCATCTTCT‑CGTGG‑CCCGGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAACGCCGCGACTATCCGGTAGTGCAggg < 1:1350502/238‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCGGTTCTGACCGAAACCATCTTCT‑CGTGG‑CCCGGGCTGGGACCCTGGTTGTTTGACGCACTGCCACGCCCCGACTATCCGGGAGTGCAgggggg > 1:607826/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |