| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 4,323,045 | T→C | 11.0% | E133G (GAG→GGG) | phnK ← | phosphonate C‑P lyase system protein PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,323,045 | 0 | T | C | 11.0% | 306.0 / 3.3 | 118 | E133G (GAG→GGG) | phnK | phosphonate C‑P lyase system protein PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/29); new base C (3/13); total (76/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.33e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCA‑GGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGA‑CACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACG‑CTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT‑CCGGTTGGCGGGAAT‑CTCCA‑CCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGCACCACGCCCCATTCGGTACGCAGCAGGCGACGGCGGTCGGCCTCGCTCATTGCATACAGCGAACGGTTCTCGTAGTGAATTTCCCCCTGCTGCGGC > NC_007779/4322812‑4323275 | ggcgACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCA‑GGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGA‑CACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACG‑CTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT‑CCGGTTGGCGGGAAT‑CTCCA‑Cctct > 1:1749386/1‑238 (MQ=255) 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ccGCGAGGTTCAGCCCCCCCCCCG‑GGCCGCGCAGCGGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCCCCGA‑CACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACG‑CTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT‑CCGGTTGGCGGGAAT‑CTCCA‑CCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCg < 1:318717/239‑1 (MQ=255) cgcgGGGTTCCGCCCCCCCCCCACGCCCCCGCGGCGGGGCGGGCGGGCGGGCCTCCCCCGA‑CACATCCACCCCGCCGGTCGTTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACG‑CTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT‑CCGGTTGGCGGGAAT‑CTCCA‑CCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCg < 2:557308/239‑1 (MQ=255) cgcgAGGTTCAGCTCCACCACCA‑GGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCCCCGA‑CACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACG‑CTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAGGTGGTAGGCAGGACGTCGAT‑CCGGTTGGCGGGAAT‑CTCCA‑CCCCTTCCAGCCCCTTCTTCGCGGGGGCCCCAATATCg > 2:1005194/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |