| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 4,425,872 | A→G | 14.8% | S405G (AGT→GGT) | ulaA → | PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,425,872 | 0 | A | G | 14.8% | 273.6 / 4.9 | 112 | S405G (AGT→GGT) | ulaA | PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/22); new base G (4/15); total (74/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCAC‑CGGTATGAGTGCCTGGATGGGCATGGCGGACTGGTCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGGCTGTGTGTGGCAACGG > NC_007779/4425639‑4426107 | cTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCAC‑CGGTATGAGTGcc < 1:1004544/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |