Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 837,020 | T→C | 12.8% | L83P (CTC→CCC) | Y75_RS04175 → | hydroxycarboxylate dehydrogenase HcXB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 837,020 | 0 | T | C | 12.8% | 238.1 / 5.6 | 83 | L83P (CTC→CCC) | Y75_RS04175 | hydroxycarboxylate dehydrogenase HcXB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/69); new base C (10/2); total (12/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATCGCTTTGATGCTCAGACGCTGCACAGTTTTATTCAGGCTGTATTTCGTCAGATGGGTAGCGAGGAACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGC‑GGCGGTCACGCTCG‑ATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGC‑GATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTAT‑CGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCA > NC_007779/836786‑837256 | aTCGCTTTGATGCGCAGACGCTGCACAGTTTTATTCCGGCTGTATTTCGTCAGATGGGTAGCGAGGAACACGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTACTCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATGCCCATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGC‑GGGGGCCATGCCCgt > 2:719248/1‑237 (MQ=255) 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ATCGCTTTGATGCTCAGACGCTGCACAGTTTTATTCAGGCTGTATTTCGTCAGATGGGTAGCGAGGAACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCTGGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGC‑GGCGGTCACGCTCG‑ATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGC‑GATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTAT‑CGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCA > NC_007779/836786‑837256 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |