Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,256,357 | T→C | 12.1% | G391G (GGA→GGG) | Y75_RS06285 ← | autotransporter outer membrane beta‑barrel domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 1,256,357 | 0 | T | C | 12.1% | 342.7 / 4.0 | 126 | G391G (GGA→GGG) | Y75_RS06285 | autotransporter outer membrane beta‑barrel domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/31); new base C (4/15); total (80/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CGCTGAGGGAGGAACCTGTCCAAACCGACCCAGGGTGCATATCCAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGTGATAGCCAAACTG‑TCTCCG‑GTTATT‑CTACCGCCGCTGAGAGCCCACAAACCCAGCGCCAGACTGCCATTACGATCAACTGTAATATCGGTATTTTGCATGTTGACAACAGCCGTTGCCGTCTGGGCCGAGGCACCATAAGAACCGCCGGAAAAGATGCTGTTTCGTTGCGCTGCCGTGCCAGTAAAATTGATTATCGCGTCTGAACCACTGGTGACGAGGCC > NC_007779/1256122‑1256593 | cGCTGAGGGAGGAACCTGTCCAAACCGACCCAGGGTGCATATCCAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑Ct > 1:489555/1‑236 (MQ=255) gaggagCCTGTCCAAACCGACCCAGGGTGCATATCCAGATTGATTAGCCAGTCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAGCC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACGCATATCAATGACCAGAGCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCgcgc < 1:332646/238‑1 (MQ=255) gaggaACCTGTCCAATCCGACCCAGGTTGCATATCAAGATTGCTTTGCCCTCCTTTGGAACGAACGCTAAAGTTGATAAGCATACGGCACGAAGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCAATATGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGCCCAGATCGCTAGCGAGGTCGATCTGGCTGTAGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTTCTG‑CCgcgc < 2:349698/238‑1 (MQ=255) gaACCTGTCCAAACCGACCCAGGGTGCATATCCAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGt > 1:1475928/1‑239 (MQ=255) gaACCTGTCCAAACCGACCCAGGGTGCATATCCAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGt > 1:1802426/1‑239 (MQ=255) aaCCTGTCCAAACCGACCCAGGGTGCATATCCAGATTGAGTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGt < 2:45556/238‑1 (MQ=255) gTCCAAACCGACCCAGGGTGCATATCCAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGTGATAg > 1:1353435/1‑238 (MQ=255) 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atatCCAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGTGATAGCCAAACTG‑TCTCCG‑GTTATT‑Ct > 1:259492/1‑239 (MQ=255) ccaaagtgattAGCCCACCTTGGAAAAGAACGCTACCGTTGATAAGAATACGACCGGGGGGGTTGATGGGGCTGGC‑GGCATACCC‑ATCTTCATGTTGCTTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAAGGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCGGGCTGTTGGTCAGGCCAAAAATC‑CCCCGGG‑CCCCGG‑CCGCGCCGGTGATAGCCAAACTG‑TCTCCG‑GTTATT‑CTAccg < 2:1301024/233‑1 (MQ=255) ccAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGTGATAGCCAAACTG‑TCTCCG‑Gt > 2:1275586/1‑229 (MQ=255) ccAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGTGATAGCCAAACTG‑TCTCCG‑Gt < 1:1275586/229‑1 (MQ=255) cAGATTGATTAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGTGATAGCCAAACTG‑TCTCCG‑GTTATT‑CTAccg > 1:98634/1‑238 (MQ=255) gattgattAGCCCACCTTTGGAAAGAACGCTACCGTTGATAAGCATACGACCCGAGGCGTTGATGCGGCTGGC‑GGCATAACC‑ATCGTCATGTTGCGTTGCGATGGCCATCTGGT‑CGGGTGTACTCATATCAATGACCAGATCGCTCGTGAGGTCGATCTGGCTGTTGGTCATGGCATAAATT‑CCCCTGG‑CTCCTG‑CCGCGCCGGCTATAGCCAAACTG‑TCTCCG‑GTTATT‑CCAccgcc > 2:134565/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |