| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 1,305,677 | A→G | 8.8% | I44V (ATA→GTA) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease OppC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 1,305,677 | 0 | A | G | 8.8% | 407.2 / 3.2 | 133 | I44V (ATA→GTA) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease OppC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/95); new base G (11/2); total (36/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGCCAGTCTGATAGTGCTGGTGCTGATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTAT‑GACGATACTGACTGGGCGATGATGTCCA‑GCGCCCCGGATATGGAGTCCGGTCACTACTTTGGTACTGACTCATCCGGTCGCGACCTGCTTGTGCGCGTTGCGATTGGCGGGCGTATCTCACTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTT > NC_007779/1305439‑1305911 | tAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGCCAGTCTGa < 1:1296548/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |