| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 1,515,716 | A→T | 9.4% | T58S (ACT→TCT) | Y75_RS07620 → | ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,515,716 | 0 | A | T | 9.4% | 381.3 / 2.6 | 132 | T58S (ACT→TCT) | Y75_RS07620 | ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/76); new base T (12/2); total (54/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGA‑CTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGT‑GGTATATGGCGCGCTATACCAGC‑GGGAAAAT‑GAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACA > NC_007779/1515478‑1515953 | gCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTtata < 2:633104/239‑1 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tttCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGA‑CTATGGCTGTGGCAGTCACTTTCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGc > 1:1088443/1‑195 (MQ=255) ttCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGA‑CTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGT‑GGTAAATGGCGCGCTATACCAGC‑GGGAAAAT‑GAAAGCGttttt < 2:1218205/239‑1 (MQ=255) cGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTTTACTTTTTACGATTTCACCCTGTCGGTAACGCCGGGACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTTATCCGGCGGATTACGAACTCATTCTCCGCACCCTGA‑CCATGGCTGTGGCAGTCCCCAACCCCCCCGCCCCTCTTGCCTTTTCAAATGCGG‑GGGGTATTGGGCGCCCTACCACC‑GGGGGAATGGAAAGCGtttttt > 2:1195913/1‑239 (MQ=255) cGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGA‑CTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATg < 2:713164/190‑1 (MQ=255) 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GCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGA‑CTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGT‑GGTATATGGCGCGCTATACCAGC‑GGGAAAAT‑GAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACA > NC_007779/1515478‑1515953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |