Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 249,538 | T→G | 20.9% | H187P (CAC→CCC) | flhA ← | flagellar type III secretion system protein FlhA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 249,538 | 0 | T | G | 20.9% | 187.3 / 3.8 | 109 | H187P (CAC→CCC) | flhA | flagellar type III secretion system protein FlhA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/55); new base G (25/5); total (49/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.27e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGG‑CATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_007779/249301‑249772 | tGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTg < 1:1711316/239‑1 (MQ=255) gggTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGc < 1:693214/239‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGG‑c < 1:615906/238‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTACCCGGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGCTCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGCCCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGTTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGG‑Ca < 1:284290/239‑1 (MQ=255) tgCGGGTTACCCTCTG‑TTTTTCCCCCACGCC‑CCCCCGGTGTTCACCCGGGGTTTAAACGGATAGGCTCGATCC‑GCGGAATGTTTCCCCACCTGCCCTG‑CTCCCCGT‑TGTTTG‑CGGTGAGGGGGCGGGT‑CAGCGTTTCGGGGCTTTTCCCTCCCCCCCCCGCCGCCAGGGGCTGTTTGCTCCTCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGG‑Ca < 2:1288134/237‑1 (MQ=255) cgCGGGTTCCCCGTTGTTTTGCCCCCCC‑GCG‑CCCCCGTTTTGTACCCGGGGCTTAAACTGATGGGCCCGCTCA‑GCGGAATGTTTCCCCACCTGCCCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGATGATGGGGCGGGT‑CAGCTTTTCGGGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGG‑Ca < 2:1729325/237‑1 (MQ=255) aGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCgggca > 2:1778981/1‑236 (MQ=255) ttACCCTGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCAGAACAGCAAAATCGGCC‑GGGGCGG‑CGATCCC‑gg > 2:1350645/1‑239 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCCAAAACGGCC‑GGGGCGG‑CATTccccgggacccc > 2:599533/1‑229 (MQ=255) gCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGG‑CCTTCCC‑GGGACCCCCg > 1:1161297/1‑238 (MQ=255) 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TGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCA‑GCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCA‑GCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTG‑CTGCTCGC‑TGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGT‑CAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGG‑CATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_007779/249301‑249772 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |