| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 1,756,553 | G→A | 20.9% | intergenic (‑362/+93) | Y75_RS08815 ← / ← fumD | ferredoxin‑like protein/fumarate hydratase FumD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,756,553 | 0 | G | A | 20.9% | 71.6 / 14.0 | 38 | intergenic (‑362/+93) | Y75_RS08815/fumD | ferredoxin‑like protein/fumarate hydratase FumD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/11); new base A (2/6); total (21/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
TGTGATTATTCTGAGCCCTTAACATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATCGCGCATT > NC_007779/1756368‑1756784 | tgtgATTATTCTGAGCCCTTAACATTGATCGTTATTAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 2:318490/1‑239 (MQ=255) gATTATTCTGAGCCCTTAACATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAg < 1:139131/238‑1 (MQ=255) gATTATTCTGAGCCCTTAACATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGa < 1:1618727/239‑1 (MQ=255) ttAACATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGaa > 1:1682835/1‑237 (MQ=255) ttAACATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGaa > 1:1753740/1‑237 (MQ=255) aaCATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGc > 2:546657/1‑218 (MQ=255) aaCATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGc < 1:546657/218‑1 (MQ=255) tGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCg > 2:605347/1‑238 (MQ=255) ttAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATATTTTCAGCGGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATg < 1:1195242/239‑1 (MQ=255) taAGGGAACTGATATTGAGTATAAGTTGTAATAAATCTAACTTAAGGGACAATTGTTTATCATTTTCATTGCAGAAAATAACAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAATTTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGAACGCAACTGAAGCAAGAATATCAAGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATCTTACCAGTTAGTTAATGa > 2:510533/1‑239 (MQ=255) cTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTcc > 1:1726175/1‑239 (MQ=255) tatttattATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCg < 1:353854/239‑1 (MQ=255) ttattaTCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCATATAATTTCAGAAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCt < 1:605347/239‑1 (MQ=255) tCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCttt > 1:1577542/1‑238 (MQ=255) aaGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCg > 2:1402875/1‑239 (MQ=255) gACAATTATTTGTGACTTTCATTTCAGAAAATAAAAAAAACATTATCTCTAAAAATTAAATTACATACAGAAATTCAAATAATTACAGCAGTTGTTATTTAGAATAATTAACGGGACCGCAACTGAAGAAAGAATATCAGGATGAAGCTTCCCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTa < 2:1801140/239‑1 (MQ=255) aaTTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGc > 2:1627167/1‑206 (MQ=255) aaTTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAACCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGc < 1:1627167/206‑1 (MQ=255) cTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCACAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTa < 2:1753740/239‑1 (MQ=255) gAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGc > 2:1354672/1‑238 (MQ=255) aaaaataaCATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGAt < 1:1800632/239‑1 (MQ=255) cATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGtat < 1:960176/40‑1 (MQ=255) aTTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGc > 1:82835/1‑203 (MQ=255) aTTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGc < 2:82835/203‑1 (MQ=255) cTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACGGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATAAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGt < 2:601908/239‑1 (MQ=255) ataAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTcagca > 2:960176/1‑40 (MQ=255) aaTTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAat > 2:1568835/1‑224 (MQ=255) aaTTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAat < 1:1568835/224‑1 (MQ=255) ttAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTTTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCATCTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGcc < 1:835890/239‑1 (MQ=255) aaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAg > 2:250963/1‑239 (MQ=255) aaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAg > 2:474259/1‑239 (MQ=255) aaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAg > 2:756849/1‑239 (MQ=255) atacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATcgc > 2:1567185/1‑239 (MQ=255) atacCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATcgc > 1:1092033/1‑239 (MQ=255) acCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATCgcgc > 2:1697145/1‑239 (MQ=255) acCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGATATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGTATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCCCTGCGCTGAATGCGTTTATTGACTAATGCTGTACGTAATACTCCTGCGATACCAATATTCTTTGGTTCCTGCCCCAGATCgcgc > 2:266189/1‑239 (MQ=255) acCAAAATTCAAATAATTTCAGCAGTTTTTATTAAGAATGATAAACTGGACCGCAACTGAAGAAAGAATATCAGGATAAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATCgcgc < 2:1092033/239‑1 (MQ=255) aaaaTTCGTATAATTTCAGCAGTTTTTATTTAGAATGTTTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATCGCGCAtt < 2:1577542/238‑1 (MQ=255) gTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGa > 2:1639272/1‑194 (MQ=255) gTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAAAATATCAGGAAGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGa < 1:1639272/194‑1 (MQ=255) | TGTGATTATTCTGAGCCCTTAACATTGATCGTTATCAATTAAAATTACAAAGCAAGAAATTATAAGTGAACTGATATTTATTATCATTTGAAATAAATTTAACTTAAGCGACAATTATTTGTGACTTTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAGAATATCAGGATGAAGCTTACCGCCTCATCCTGAATGGTCATTTTACCAGTGCGTTAATGACGGTTTCCATCGCCTGCTTTTCCAGCTCACTGCGCTGAATGCGTTTATTGGCTAATGCTGTACGTAATACGCCTGCGATAACAATATGCTTTGGTTCCTGCCCCAGATCGCGCATT > NC_007779/1756368‑1756784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |