| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 249,587 | T→G | 13.2% | T171P (ACC→CCC) | flhA ← | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 249,587 | 0 | T | G | 13.2% | 359.3 / 4.6 | 121 | T171P (ACC→CCC) | flhA | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/62); new base G (21/2); total (57/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTTGTATTTGAAGATCCCGATACAGACGCCGCCGATCAGGTTGATCGCCAGA > NC_007779/249355‑249822 | aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGGGTaga > 1:1491498/1‑238 (MQ=255) gCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCCCGAACATAATCCCCGGGGCGGTGGAGAGc > 1:880556/1‑238 (MQ=255) aCTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGCCCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCGGCGGCTGTTTGCTCACCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACg < 1:1821812/239‑1 (MQ=255) tGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTCCCCACCTGCCCTGCGGCTCGCTGGTTTCGGTGAGGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGTTTTTCTCTCCCCCCCCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACggg < 1:76927/239‑1 (MQ=255) aTAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGGGGAGAGCACCGACGGGCt > 1:1447869/1‑239 (MQ=255) aTAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTTCC‑GGGACCACCGCCAGCACGAACAAAAACCCGGGGGCGGGGGAGAGCACCGACGGGCt > 1:380679/1‑239 (MQ=255) aTAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCCGGGGCGGGGTAGAGCACCGACGGGCt > 1:1280556/1‑239 (MQ=255) 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tcccccccccgccgccgGGGGCTGTTTGCTCACCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAgcagca < 1:710306/231‑1 (MQ=255) tccgcctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTCCC‑GGGACCCCCGCCAGCACGAACACAATACCGGTGGCGGGGTAGAGGACCGAAGGGGTTGCCCGCAGCTGGTTAAGCACGCCATGGGCGATACCGCCCGTGTCGCACGCCCGGGGGGAGGTAATCGCCGCCCGGGGGGAGggcaggcg > 2:1044135/1‑236 (MQ=255) ccgcctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTCCC‑GGGACCACCCCCCGCACGCACATAAACCCGGGGGCGGGGTGGAGCACCCACGGGCTTGCCACCCGCCGGGTAcccccggc > 2:589689/1‑165 (MQ=255) ccgcctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGGGCGGCATTCCC‑CGTACCACCCCCCGCACGAACAAAATCCCGGTGGCGGGGTAGAGCACCCACGGGCGTGCCAGCCGCTGGTTAAGCACGCCCTGGGCGCTATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGAAAATCGCCCCCCCGggggggggccggcgg > 2:945930/1‑228 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AGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCA‑AGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCA‑GGTGCGGCATTCCC‑GGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTTGTATTTGAAGATCCCGATACAGACGCCGCCGATCAGGTTGATCGCCAGA > NC_007779/249355‑249822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |