Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,775,399 | T→C | 23.9% | Y392H (TAT→CAT) | Y75_RS08905 → | MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 1,775,399 | 0 | T | C | 23.9% | 347.8 / 107.3 | 167 | Y392H (TAT→CAT) | Y75_RS08905 | MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/66); new base C (20/20); total (81/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.23e-01 |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
CAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGA > NC_007779/1775172‑1775636 | cagcagCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGtt < 2:1826537/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |