| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 4056987 | NA (NA) | 182 (1.180) | 104/382 | NT | 97.8% | coding (391/417 nt) | Y75_RS20060 | hypothetical protein |
| ? | NC_007779 | = 4370795 | 4 (0.030) | pseudogene (659/1304 nt) | Y75_RS21600 | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter | |||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
AATACAGGCGCTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGATTTCAATCTGCTTTTCACCGCGCAGTTCAACCAGGCCCTCTTCCAGACGCTTGCGATAAATCGGATCGTCAGAGAGTTTGGAGTTGAACAGCATAGTGACCAGGAAGGACATCACCAGAACCGCCAGCAGGGTGGACGGGATGACCACGGAGAGCAGATGGAGGTAGCTGATGCCATGACCTTCCATCACGGAAGACATGTAAACCACTGCCGCTGAGATTGGCGATGCGG > NC_007779/4370558‑4371027 | cAGGCGCTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggt < 2:1331920‑M2/237‑4 (MQ=255) tgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattacCCGGATTTGATTTCa < 1:1355409‑M2/15‑1 (MQ=255) gcgcTCATACCTGCTTTGAAGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGAATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGAACTTTTTGACCCGGACTTGggcgat < 2:1245544‑M2/237‑7 (MQ=255) gacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcgcgcctgggacggaagtcgctgtagttctcaaaaccggtggagcggcatgacaaaaacgacgggcattttctgaacataaaacactatcaataagttggagctaatacCCGGCTTAGATTTCaa > 2:842833‑M2/223‑238 (MQ=255) 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aGGTGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgatgctgccaacttactgattta > 1:44606‑M2/1‑212 (MQ=255) tGCTGGAGTTGAGGATGTTGTCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:892183‑M2/1‑209 (MQ=255) gCTGGAGTTGAGGAAGTAGTCGGTATCGACTTTACAGAAAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTGCAGCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCGTGGTCTGCTGATGAGTGCATAGATAACCACGCCAACAACTCCCAGCCGGAACAGCCAGCAGGACGTTTGTGCACCGGATCTGgcagattctgccaacatactgcttctgtgaa < 2:1698569‑M2/239‑32 (MQ=255) 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ctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaagtgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattacCCGGATTTGATTTCAATCTGCTTTTCACCGCGCAGTTCAACCAGGcc < 2:357224‑M2/47‑1 (MQ=255) ttgtCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 2:1737289‑M2/1‑192 (MQ=255) ttgtCGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 2:1927219‑M2/1‑192 (MQ=255) cGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGTATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgatgctgccaacttacggatgtagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 2:447383‑M2/1‑188 (MQ=255) cGGTATCGACTTTACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgagtctgccaacttactgatttattgtatgagggtgtttttgaggg < 2:2107356‑M2/237‑50 (MQ=255) ttACAGATAACGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgatgctgccaa > 1:237132‑M2/1‑177 (MQ=255) aaCGGTGGTCAGAGTTGCAACGCTGAGCATGATGATCAGGATTGCGTTGGTGGTGTTCATCAGCGGTTTTTCAACCAGACCCATGCTTGGGCTGTTGATGATTGCATAGATAACCACGCCAACTACGCCCAGCAGGAACAGCCAGACGGACGTTTTTGCACCGGATTTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |