| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 776,480 | T→G | 9.0% | G70G (GGT→GGG) | tolR → | colicin uptake protein TolR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 776,480 | 0 | T | G | 9.0% | 566.5 / 4.9 | 198 | G70G (GGT→GGG) | tolR | colicin uptake protein TolR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/103); new base G (20/2); total (93/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCT‑GGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCGTTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCA‑AGGCCAA‑CCCGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAATCGGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCGTTTCCCT > NC_007779/776243‑776715 | cGTTTGGGAGAGGGACAAGGGGTAAGCGATGGCCAGGCCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGGTCTAAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCAGCATCGCCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCT‑GGTa < 2:862338/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |