Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 1,065,700 | C→T | 100% | R415C (CGT→TGT) | Y75_RS05220 → | YccE family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 1,065,700 | 0 | C | T | 100.0% | 859.8 / ‑6.7 | 221 | R415C (CGT→TGT) | Y75_RS05220 | YccE family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (107/112); minor base G (1/0); total (109/112) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCATTTGCTCATTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCATCAATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTTCAACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATCGTTATGCAATTTAATGGCAAAGGCATATGCTAAAAACCATTGTTATTAGTCTCACACTTTTTTATTGGTAAATATTGTCTCTGTATTGGTAACGCCGCAGATATTCTGTTTAGCCACAGGTGCAATTATCAGCGGCGTACGCGAGGCAGGGGCTAATCAGGCATAGTTTGCGTCAAACCTTGCCTGTTTTTGAAGATGTATATAGAAAAACAGGCGTTCAACAAGCCATTT > NC_007779/1065466‑1065931 | gTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCATTTGCTCATTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCATCAATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTTCAACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATTGTTa > 1:1542709/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |