Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,327,721 | C→G | 7.9% | A421G (GCA→GGA) | Y75_RS06660 → | DUF2207 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 1,327,721 | 0 | C | G | 7.9% | 378.6 / 4.7 | 133 | A421G (GCA→GGA) | Y75_RS06660 | DUF2207 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/79); new base G (9/2); total (49/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AATGCGGTATTACTGCCCGCAGAGCAGTTATTACTGGAAGCGTTATTTCGTAAAGGCGATAAGGTCGTTCTTACGGGGAGACGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTGGGCAGGAATGAGTCT‑GGTGGGCGATATGTTTATTATGATCTG‑CTGGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTCTATTCTCTCTACATCAATGTCGGAGATGTATTCTTTTACTGGTATATGCCAGCGGGTTATTTTACCGCTGTTT > NC_007779/1327483‑1327957 | aatGCGGTATTACTGCCCGCAGAGCAGTTATTACTGGAAGCGTTATTTCGTAAAGGCGATAAGGTCGTTCTTACGGGGAGACGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTGGGc < 2:328499/239‑1 (MQ=255) aatGCGGTATTACTGCCCGCAGAGCAGTTATTACTGGAAGCGTTATTTCGTAAAGGCGATAAGGTCGTTCTTACGGGGAGACGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTGGGc < 1:5336/239‑1 (MQ=255) aTTACTGCCCGCAGAGCAGTTATTACTGGAAGCGTTATTTCGTAAAGGCGATAAGGTCGTTCTTACGGGGAGACGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTGGGCAGGAATGa < 1:125840/239‑1 (MQ=255) gCCCGCAGAGCAGTTATTACTGGAAGCGTTATTTCGTAAAGGCGATAAGGTCGTTCTTACGGGGAGACGCAACAGAGTCTTTCGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTGGGCAGGAATGAGTCt‑gg < 1:1996047/239‑1 (MQ=255) 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1:210083/1‑239 (MQ=255) agaCGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTATGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTGGGGAGGAATGAGTCT‑GGTGGGCGATATGTTTATTATGATCTG‑CTGGGTTATTCCTTTTTTTTTTTGTTCCCTTTAGCtttt > 1:335284/1‑239 (MQ=255) aCGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTTGGCAGGAATGAGTCT‑GGTGGGCGATATGTTTATTTTGATCTG‑CTGGATTATTCCTTTTTTTTTTTGTTTCCTTGAGCTtttgt > 1:1794370/1‑239 (MQ=255) gCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGT‑CCTGTAGGCTGGGCAGGAATGAGTCT‑GGTGGGCGATATGTTTATTATTATCTG‑CTGGATTATTCCTTTTTTATTGTGTTCCCTTGAGCTtttgttt < 1:168460/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |