Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 1,719,676 | 0 | C | T | 9.4% | 242.2 / 3.6 | 81 | E16K (GAA→AAA) | pdxH | pyridoxamine 5'‑phosphate oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/61); new base T (6/2); total (18/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.77e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
TTTCGATTTGATGTGCTTTACGGCTGCCGAGGTTGGTGTAAAACACCATGCCTTTTTCGTCGTAATGTTTGAGTAAAACGATGCGCTGATAAGGCTGACCATGTTCATCCACGGTAGCGACCACCATCGCGGTAGGGTCCGCCAGTTTGGCTTCACAAGCCTGAGAGAGCCAACGTTCAAAAAGGGTTAATGGATCGGC‑GGGAAGATC‑GCGGCGGCGTAACCCGCCTTTGGTGTATTCACGGCGCAGATGCGCGATTTGC‑TGCAATT‑CGTCGTTATCAGACAT‑GGTTTTCTTTACGGATTGTCAGTGGGTGACGCTATTGTGCGCCGCCCCTGGAAAAATCTCAACGCTGTGGATTTTGTAACTGACAGTTATTCAAGACGATGCGGTCGCGTTTATAGACAGTCGCTTCATCGCCTTTCGACCAGAAAACATAGATTCCGTCAGTGTAACGCGCGCCAGAGGCTGAAATGCC > NC_007779/1719439‑1719911 | tttCGATTTGATGTGCTTTACGGCTGCCGAGGTTGGTGTAAAACACCATGCCTTTTTCGTCGTAATGTTTGAGTAAAACGATGCGCTGATAAGGCTGACCATGTTCATCCACGGTAGCGACCACCATCGCGGTAGGGTCCGCCAGTTTGGCTTCACAAGCCTGAGAGAGCCAACGTTCAAAAAGGGTTAATGGGTCGGC‑GGGAAGATC‑GCGGCGGCGTAACCCGCCTTTGGTGTATTCa < 1:521019/239‑1 (MQ=255) tttCGATTTGATGTGCTTTACGGCTGCCGAGGTTGGTGTAAAACACCATGCCTTTTTCGTCGTAATGTTTGAGTAAAACGATGCGCTGATAAGGCTGACCATGTTCATCCACGGTAGCGACCACCATCGCGGTAGGGTCCGCCAGTTTGGCTTCACAAGCCTGAGAGAGCCAACGTTCAAAAAGGGTTAATGGATCGGC‑GGGAAGATC‑GCGGCGGCGTAACCCGCCTTTGGTGTATTCa < 1:570747/239‑1 (MQ=255) cTGCCGAGGTTGGTGTAAAAAACCAGTCTTTTTTCGTCGAAATGTTGGAGAAAAACGATGCGCTGAAAAGGCTGACCATGTTCATCCACGGTAGCGACCACCATCGGGGTAGGGTCCGCCAGTTTGGCTTCACAAGCCTGAGAGAGCCAACGTTCAAAAAGGGTTAATGGATCGGC‑GGGAAGATC‑GCGGCGGCGTAACCCGCCTTTGGTGTATTCACGGCGCAGATGCGCGATTtgc‑t < 2:858760/238‑1 (MQ=255) gCCGAGGTTGGTGTAAAACACCATGCCTTTTTCGTCGTAATGTTTGAGTAAAACGATGCGCTGATAAGGCTGACCATGTTCATCCACGGTAGCGACCACCATCGCGGTAGGGTCCGCCAGTTTGGCTTCACAAGCCTGAGAGAGCCAACGTTCAAAAAGGGTTAATGGATCGGCGGGGAAAAGG‑GGGGGGGGGGAACCCGCCCTTGCGGGGTT‑ACGGCGCAGAAGCGCCGTTttc‑tgcc > 1:550649/1‑238 (MQ=255) 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(MQ=255) cACGGCGCAGATGCGCGATTTGC‑TGCAATT‑CGTCGTTATCAGACAT‑GGTTTTCTTTACGGATTGTCAGTGGGTGACGCTATTGTGCGCCGCCCCTGGAAAAATCTCAACGCTGTGGATTTTGTAACTGACAGTTATTCAAGACGATGCGGTCGCGTTTATAGACAGTCGCTTCATCGCCTTTCGACCAGAAAACATAGATTCCGTCAGTGTAACGCGCGCCAGAGGCTGAAATGc > 1:167937/1‑235 (MQ=255) | TTTCGATTTGATGTGCTTTACGGCTGCCGAGGTTGGTGTAAAACACCATGCCTTTTTCGTCGTAATGTTTGAGTAAAACGATGCGCTGATAAGGCTGACCATGTTCATCCACGGTAGCGACCACCATCGCGGTAGGGTCCGCCAGTTTGGCTTCACAAGCCTGAGAGAGCCAACGTTCAAAAAGGGTTAATGGATCGGC‑GGGAAGATC‑GCGGCGGCGTAACCCGCCTTTGGTGTATTCACGGCGCAGATGCGCGATTTGC‑TGCAATT‑CGTCGTTATCAGACAT‑GGTTTTCTTTACGGATTGTCAGTGGGTGACGCTATTGTGCGCCGCCCCTGGAAAAATCTCAACGCTGTGGATTTTGTAACTGACAGTTATTCAAGACGATGCGGTCGCGTTTATAGACAGTCGCTTCATCGCCTTTCGACCAGAAAACATAGATTCCGTCAGTGTAACGCGCGCCAGAGGCTGAAATGCC > NC_007779/1719439‑1719911 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |