| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 117,417 | T→G | 12.0% | T45P (ACC→CCC) | ppdD ← | prepilin peptidase‑dependent pilin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 117,417 | 0 | T | G | 12.0% | 364.9 / 2.2 | 133 | T45P (ACC→CCC) | ppdD | prepilin peptidase‑dependent pilin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/71); new base G (17/2); total (59/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TTGCGCGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATGACGACGCTTAGCCCATTGAGACTTTCTTGCCCGGTCAGCGACACCACGCCCTTTGCCACACTCATGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGAGGGAATGCCATTGCTGCCACCGTCGCAGGTATCTAATCCACCATGTTCCAGCGCGCACAACTCTACGG‑CGGTACGGTAAGGCACAAAGGTTTGTAGCATGTCGGTGAGTGCGGCTTTGCGCAGGTAGTTTTGATAAGCGGGAATACCAATGGCGCTTAAAATGGCAATGATGCCAATAACCACCATCAGTTCGATAAGTGTAAAACCGCGTTGCTTGTCCATCTGTTTCGCTCCTTGATTTGGTTGG‑CGCTACTTTGGCAAACGCCATCAGCACAGGCGAGGGGCAAAAAACGAAACGGGAAAGCAGATTCCGAGGTTTTTTA > NC_007779/117182‑117650 | ttGCGCGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATGACGACGCTTAGCCCATTGAGACTTTCTTGCCCGGTCAGCGACACCACGCCCTTTGCCACACTCATGGCTCAAACATAGCGGGCGGCGGTGGGCGAGGGCATGCCACTGCTGCCACCGTCGCAGGTATCGACTCCACCATGTTCCAGCGCGCCCACCCCTACGT‑CGGGCCCGTAAAGCCCAACGGgttt > 2:1401356/1‑238 (MQ=255) tcgcgTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAAACCGGTGTCATGGCGACGCTTAGGCCATTGAGACTGTCTTTACCGGACAGCGACTCCACGCGCTTTGCCACACTCATGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGAGGGGAGGCCATTGCTGCCACCGTCGTAGGTATCTAGTCCACCATGTTCCAGCGCGCACAACTCTACGG‑CGGTACGGTAAGGCACAAAGGATTGTa < 2:1814862/238‑1 (MQ=255) gtgcgTGCAGTCGGTGGCGCTCTTTGCGTTATCCTAAACAGGTGTCATGACGAAGCTTAGCCTATTGATACTTTCTTGACCGATACGCGAAGTCATGCACTTTGCGACCCTAGTGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGCGGGTATGCCATTGCTGCCACCGTCGGAGGTATCTAATCCCACATGTCTCGGCGAGCACAAGTCTACGG‑CGGTACGGTAAGGCACAACGGTTTGTa < 2:1038150/237‑1 (MQ=255) gcgcGTCCAGCCGGTGACGCCGTTTGCGTTATCCCAACCCGGTGTCATGACGACGCTTAGCCCATTGAGACTTTCTTGCCCGGTCAGCGACACCACGCCCTTTGCCACACTCATGGCTGAAACATAGCGGGTGGTGGTAGGCGAGGGAATGCCATTGCTGCCACCGTCGCAGGTATCTAATCCACCATGTTCCAGCGCGCACAACTCTACGG‑CGGTACGGTAAGGCACAAAGGTTTGTa < 1:1311742/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |