| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,606,887 | A→G | 21.0% | M439V (ATG→GTG) | hyfF → | hydrogenase 4 subunit F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,606,887 | 0 | A | G | 21.0% | 129.9 / 7.9 | 79 | M439V (ATG→GTG) | hyfF | hydrogenase 4 subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/36); new base G (15/2); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTG‑CT‑GGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGC‑GCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCA > NC_007779/2606657‑2607123 | tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTG‑CT‑GGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgc‑g < 1:193696/239‑1 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ttttATGGCTGTTAGCGCTGGTG‑CG‑GGGGGGCCTGGTACGGATGGCGGC‑GGGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATctgcctg < 1:737926/232‑1 (MQ=255) tATTGCTGTTAACGCTGGTG‑CT‑GGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGC‑GCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCa < 1:210278/157‑1 (MQ=255) tATTGCTGTTAACGCTGGTG‑CG‑GGGGGGCCTGGTACGGATGGCTGC‑GCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACg < 1:792341/238‑1 (MQ=255) cTGTTAGCGCGGGTG‑CG‑GGCGGGCTGGGTAGGGAGGGCTGC‑GCGGGTGTAAAGGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCa < 1:1877243/238‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACGGATGGGTGC‑GCGGTTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGca < 1:1335915/200‑1 (MQ=255) tACGGATGGCTGC‑GCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCAcc > 1:318574/1‑239 (MQ=255) ccGGTTGGCTGG‑GCGGGTTTTAAGGGCGAACCCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCAcc < 1:308627/237‑1 (MQ=255) gATGGCTGC‑GCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCat > 1:1133654/1‑99 (MQ=255) 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aTGGCTGC‑GCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACt > 1:853483/1‑162 (MQ=255) | TGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTG‑CT‑GGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGC‑GCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGC‑TGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCA > NC_007779/2606657‑2607123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |