Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_007779 | 3,205,140 | C→A | 16.8% | Q8K (CAA→AAA) | ttdA → | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,205,140 | 0 | C | A | 16.8% | 201.6 / 8.8 | 85 | Q8K (CAA→AAA) | ttdA | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/46); new base A (8/7); total (32/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
CGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTG‑CCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTA‑CCGCCATGATTTCTACCCG‑AATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGT‑CGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTC > NC_007779/3204913‑3205372 | cGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTG‑CCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTg < 1:1617468/239‑1 (MQ=255) ttAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑TCAAAAAAAT‑AAAAAAAAAGGAGTTT‑TCATGATGAGCGGAAGAAATAAAAAAAAAGAAGTGaa > 1:1087580/1‑239 (MQ=255) tATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTG‑CCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGt < 1:206293/239‑1 (MQ=255) cGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑TAATTTT‑TCACACAAAA‑AAAAAAAATAGAGTTG‑ACATGATGAGCGGAAGTAATAAACAACAAGCAGTGGAAAAgattag > 1:685153/1‑234 (MQ=255) 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tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAAGCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTG‑CCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTGGACAGAGAt < 1:1589681/239‑1 (MQ=255) tAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTG‑CCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTc < 1:1289353/238‑1 (MQ=255) ctcgcCGTGTTTTTCGCAAAACATTGCCTTTCCCTTCTCTGGCGAATTTTTCATTCTTATTTTCGCGTTTATTCGCTAACTTTTATTTACATATTCGCGGTGGCAATAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTA‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGATTTG‑CCATGATGAGCGAATATAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGATGTTGTCgtt < 2:1214721/237‑3 (MQ=255) 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CGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTG‑CCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTA‑CCGCCATGATTTCTACCCG‑AATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGT‑CGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTC > NC_007779/3204913‑3205372 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |