Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,205,162 | C→A | 12.4% | T15K (ACA→AAA) | ttdA → | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,205,162 | 0 | C | A | 12.4% | 288.5 / 4.5 | 104 | T15K (ACA→AAA) | ttdA | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/42); new base A (6/8); total (52/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAAACTGGAGTTG‑CCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTA‑CCGCCATGATTTCTACCCG‑AATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGT‑CGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTCCCGCTTCCCACTGCTTGGCGAGCTGCAA > NC_007779/3204925‑3205400 | gccgtggtgATAAGCGCTGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTGCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACAGTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AATTTTT‑CCAGACAAAT‑ACAAAATCTGGAGTTG‑CCATGATGCGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACa < 2:1491590/233‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |