| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,545,595 | T→G | 25.4% | P427P (CCT→CCG) | Y75_RS17610 → | PTS fructose‑like transporter subunit IIBC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,545,595 | 0 | T | G | 25.4% | 95.8 / 46.8 | 64 | P427P (CCT→CCG) | Y75_RS17610 | PTS fructose‑like transporter subunit IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/32); new base G (3/13); total (19/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
CTGATGCCGCCCGTCGCGGCGGGTCTTGCGACGTTCATTGCGCCCAAACTGTTTACCCGACAGGAAAAAGAGGCTGCCAGTAGTGCCATTGTGGTCGGTGCCACAGTCGCAACCGAACC‑GGCTATTCCTTACGCTCTGGCAGCTCCGTTGCCGATGATT‑ACCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAGGAAGTTCGCGACATTCTG > NC_007779/3545365‑3545833 | cTGATCCCGCCCGTCGGGGCGGGTTTTGCGACTTTCATTGCGCCCAACTTTTTTCCCCGACAGAAAAAAGGGGCTGCCAGTAGTGCCATTGTGGTCGGTCCCACAGTCGCAACCGACCC‑GGCTTTTCCTTCCGCTCTGGCAGCTCCGTTGCCGATGATT‑ACCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTggg < 1:1387520/239‑1 (MQ=255) gggttttggCGACGTTCATTGCCCCCAACCTGTTTCCCCGAAAGGAAAAAGAGGCTGCCAGTAGTGCCATTGTGGTCGGTGCCACAGTCGCAACCGACCC‑GGTTTTTCCTTCCGCTCTGGCAGCTCCGTTGCCGATGATT‑ACCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGAt < 1:24391/230‑1 (MQ=255) tggtagttgctttGCG‑CCAAACCTTCTACCCGGCAAGAGAAAGAGGCTGCGCCTTTGGCCATTGTGGGACGGGCCACCCGTGCCACCCAACCGGGCTTTTCTTTCGCCTCGGGCGCCTCCGGTGCGTATGATT‑CCCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTCCCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGa < 2:580048/228‑1 (MQ=255) ttCATTGCGCCCAAACTGTTTACCCGACAGGAAAAAGAGGCTGCCAGTAGTGCCATTGTGGTCGGTGCCACAGTCGCAACCGAACC‑GGCTATTCCTTACGCTCTGGCAGCTCCGTTGCCGATGATT‑ACCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑cc > 1:1154411/1‑239 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCCAGTAGTGCCATTGTGGTCGGTGCCACAGTCGCAACCGAACC‑GGCTATTCCTTACGCTCTGGCAGCTCCGTTGCCGATGATT‑ACCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCCGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGGTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑Tcgc > 1:150355/1‑237 (MQ=255) tGCCTTTGTGGTGGGTGCCACAGTCGCAACCGACCC‑GGCTATTCCTTACGCTCTGGCAGCTCCGTTGCCGATGATT‑ACCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACAtt < 1:491833/238‑1 (MQ=255) tGCCATTGTGGTCGTTGCCACGGCCGCAACCGACCC‑GGTTTTTCCTTCCGCTCGGGCTGCTCCGTTGCCGATGATT‑CCCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACAtt < 1:1554766/238‑1 (MQ=255) 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ggTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGc > 2:1535133/1‑213 (MQ=255) ggTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGc < 1:1535133/213‑1 (MQ=255) cTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCGGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑Tcgcg > 2:1829996/1‑107 (MQ=255) cTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCGGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑Tcgcg < 1:1829996/107‑1 (MQ=255) tCGGAATCAAACGTCTGGCACCGGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATttcatt > 2:1182893/1‑118 (MQ=255) tCGGAATCAAACGTCTGGCACCGGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATttcatt < 1:1182893/118‑1 (MQ=255) cGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGaa > 2:1337255/1‑239 (MQ=255) aTCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAgg < 1:677049/239‑1 (MQ=255) gTCTGGCACCGGGTTTGGGTATCTTTGGCCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAGGAAGTTcg < 1:1005812/239‑1 (MQ=255) cACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAGGAAGTTCGCGACa < 1:801676/238‑1 (MQ=255) gccTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACGGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAGGAAGTTCGCGACAtt < 1:2071575/238‑1 (MQ=255) aCCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAGGAAGTTCGCGACAtt < 1:224776/239‑1 (MQ=255) tGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTAGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGAGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAGGAAGTTCGCGGCATTCTg > 2:747737/1‑239 (MQ=255) | CTGATGCCGCCCGTCGCGGCGGGTCTTGCGACGTTCATTGCGCCCAAACTGTTTACCCGACAGGAAAAAGAGGCTGCCAGTAGTGCCATTGTGGTCGGTGCCACAGTCGCAACCGAACC‑GGCTATTCCTTACGCTCTGGCAGCTCCGTTGCCGATGATT‑ACCGCCAATACGCTGGCGGGCGGCATTACCGGCGTGCTGGTGATCGCTTTCGGAATCAAACGTCTGGCACCTGGTTTGGGTATCTTTGACCCGCTGATCGGCCTGATGTCG‑CCGGTGGGTTCGTTTTATCTGGTGCTGGCGATTGGCC‑TCGCGCTGAACATTTCATTCATTATCGTCC‑TGAAAGGATTGTGGTTACGCCGCAAAGCGAAAGCCGCGCAAC‑AGGAGCTTGTCCATGAACATTGAGTTACTGCAACAGTTGTGCGAAGCCAGCGCCGTCAGCGGCGATGAACAGGAAGTTCGCGACATTCTG > NC_007779/3545365‑3545833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |