Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,560,804 | T→G | 11.5% | T109P (ACC→CCC) | yihX ← | glucose‑1‑phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,560,804 | 0 | T | G | 11.5% | 394.1 / 3.8 | 158 | T109P (ACC→CCC) | yihX | glucose‑1‑phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/82); new base G (23/2); total (74/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TATCTTTCACCAGAATACTGGTAATGCCCAGCTGATTGGCTCCTTCTATATTATCGGCGTTATCGTCGAAAAAGACCGTATCGCTGGGTGAAAAACCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAATTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGATATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTCTTCCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑TTGGTATTGGAAAGCACCACCACGCGATGCCCCTGCTCACGCAGTTTATGCATGATGGCGATCACTTCCGGGCGCAGCGCAACAAACACCGCCTGCCAGCCGTGAGAGAACTGCTCGTAGCTTAGCGGTAGAGCCATCTCATGACACAGCGCCTCTGCGAACGCTTCGTCGCTAATTTCCCCACGCTCATGCTGATGAAACGCCTCCCCCATATGAAAACT‑CTTCTTAAGCGATGCCAG > NC_007779/3560570‑3561038 | gatgtttCACCAGAATACTGGAAATGCCCAGCTGATTGGTTCCTTCTATATTATCGGCGTTATCGACGAAAAAAACGGTATCGCGGGGTGAAAAGCCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAAGTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGATATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTCTACCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑TTGGTATTg < 2:378142/235‑1 (MQ=255) aagaaacacccAGAATTCTGTAAATGCCCAGCTGGTTGTGTCTTTCTATATTGACGGCGTTATCGTCGAAAAATACCGTTTCTCTGGGTGAAAACCCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAATTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGATATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTCTTCCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑TTGGTATTg < 2:134009/230‑1 (MQ=255) tttCACCAGAATACTGGTAATGCCCAGCTGATTGGTTCCTTCTATATTATCGGCGTTATCGTCGAAAAAGACCGTATCGCTGGGTGAAAAACCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAATTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGATATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTCTTCCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑TTGGTATTGGaaa > 2:415928/1‑239 (MQ=255) tCACCAGAATACTGGTAATGCCCAGCTGATTGGCTCCTTCTATATTATCGGCGTTATCGTCGAAAAAGACCGTATCGCTGGGTGAAAAACCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAATTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGATATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTCTTCCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑TTGGGATTGGaaaac > 1:1843370/1‑237 (MQ=255) tCACCAGAATACTGGTAATGCCCAGCTGATTGGCTCCTTCTATATTATCGGCGTTATCGTCGAAAAAGACCGTATCGCTGGGTGAAAAACCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAATTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGATATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTCTTCCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑GTGGAATTGGAAAGc > 1:1991176/1‑239 (MQ=255) cACCAGAATACTGGTAATGCCCAGCTGATTGGCTCCTTCTATATTATCGGCGTTATCGTCGAAAAAGACCGTATCGCTGGGTGAAAAACCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAATTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGAAATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTATTCCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑TTGGTAtcgtgaagg > 2:1708953/1‑230 (MQ=255) aTACTGGTAATGCCCAGCTGATTGGCTCCTTCTATATTATCGGCGTTATCGTCGAAAAAGACCGTATCGCTGGGTGAAAAACCTT‑CCGCCTGCAAAACATGCTGGTAAATTCGTGCTTCAGGTTTGCGCATCCCCAG‑ATCTTGCGACAGATAGATATGGTCAGCAGCATCACGAATTTCCGGGTATTCTTCCGGCCAGAAGGTGGTATGCAGGCGG‑TTGGTATTGGAAAGcaccacc < 1:585060/237‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |