| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 249,538 | T→G | 30.4% | H187P (CAC→CCC) | flhA ← | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 249,538 | 0 | T | G | 30.4% | 102.5 / 13.2 | 79 | H187P (CAC→CCC) | flhA | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/26); new base G (20/7); total (46/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCT‑CTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAA‑C‑GGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCC‑AGCACGAACATAATCCC‑‑GGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGG > NC_007779/249304‑249771 | tggggCGGTTTACTCGGTGTTTTGTCCCCCAGGGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTGGATCGGCGGAAGGGTTCCCCCACTGACTTGCTGCTCGCTGTTTTGGGTGAGGGTGCGGGTCAGCGTTTCGGGGCTTTTCT‑CTTCCGCCTCGGCCGCCGGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAA‑C‑GGCAGGTGCg < 2:2079682/234‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCT‑CTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAA‑C‑GGCAGGTGCGGCa < 1:1683014/239‑1 (MQ=255) aGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCT‑CTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAA‑C‑GGCAGGGGCGGCAt > 1:575376/1‑239 (MQ=255) cGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTACCCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCT‑CTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAA‑C‑GGCAGGTGCGGCAtt < 1:1562904/238‑1 (MQ=255) 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agc‑ggcggGTGCGGGATGCCGGGGCCCCCCGCC‑AGCACGAACATAATCCC‑‑GGTGGCGGTGTAGGGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 2:815813/237‑1 (MQ=255) gCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCC‑AGCACGAACATAATCCC‑‑GGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGGCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCCTCGGCGCTCAgg > 1:773598/1‑239 (MQ=255) | GTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCT‑CTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAG‑CAGGGCGCTGAACAGCAAAAA‑C‑GGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCC‑AGCACGAACATAATCCC‑‑GGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGG > NC_007779/249304‑249771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |