Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 922,314:1 | +C | 8.0% | intergenic (+21/+52) | macB → / ← cspD | macrolide ABC transporter peremase/ATPase/inhibitor of DNA replication, cold shock protein homolog |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 922,314 | 1 | . | C | 8.0% | 297.3 / 22.5 | 75 | intergenic (+21/+52) | macB/cspD | macrolide ABC transporter peremase/ATPase/inhibitor of DNA replication, cold shock protein homolog |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (32/37); new base C (4/2); total (36/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
TGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGTGATTGCCTTTTGGCCCCTGGTGGACATCAAACTGAACGGATTGTCCAGCTTTTAGCGTTCTGTAACCATCCATCTGAATGGTGGAATAATGAGCGAAAATATCTTCGCCGCCGCCTTCAGGGCAGATGAAACCAAACCCTTTGGCATTGTTGAACCACTTAACAGTACCCTTTTCCATGCTTCGACATCCTTCGCAAA > NC_000913/922026‑922610 | tGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCCGATCgg < 1:972101/298‑1 (MQ=255) aGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCCGATCggctg > 1:973685/1‑295 (MQ=255) gcgcGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGACATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGCGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCg > 2:519322/1‑285 (MQ=255) cgcgAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCAttt > 1:646323/1‑299 (MQ=255) cgAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATc < 2:710971/285‑1 (MQ=255) gAGCAAGCGATGTTTTGCAACATTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGc < 1:7131/299‑1 (MQ=255) gAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGCCTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCAAG‑CCGATCGGGCTGGCATGTTg > 1:726196/1‑298 (MQ=255) 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aCAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATCTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATg < 1:601662/299‑1 (MQ=255) tCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGAc < 1:376817/298‑1 (MQ=255) tCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCGTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGAt < 2:569885/284‑1 (MQ=255) aatccGTACTGTTTTGCCTTGTCGGTGTCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTTCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCTTTTCTCTGCTCGCCGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATg < 2:625478/282‑1 (MQ=255) aGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATga > 2:632522/1‑285 (MQ=255) aGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTAt > 1:674479/1‑299 (MQ=255) gtgtatgggTTTGCCTGGTCGGTTGCGCGGTGGAAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCATCTTGCAGCTTTTCTTGCCCGGATGTGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATgaga < 2:524654/278‑1 (MQ=255) gTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATga < 2:177770/281‑1 (MQ=255) tGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATAAGACAGAAGAGCTATGCGACTg > 1:371171/1‑298 (MQ=255) 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tGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTGAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGc < 2:757920/284‑1 (MQ=255) tGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACaa < 1:242638/298‑1 (MQ=255) aTAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAaca < 1:581008/298‑1 (MQ=255) ctgtcactgtTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGt < 1:706728/299‑1 (MQ=255) tgtcacttgTAATTGCTTGCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATGGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGGCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGcac < 2:836203/284‑1 (MQ=255) tgtcactgtTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGAAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGAGAGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATTTACACAATGAGACAGAAGGGCACTGCAATTGCCGCTTCTAATTCGACAGGcaca > 2:689939/1‑285 (MQ=255) ctgtTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGCAATGCGGCCCGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATCAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATTCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATaa > 2:182393/1‑284 (MQ=255) ctgtTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATaa > 2:330163/1‑284 (MQ=255) aTTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGTGATTGCCTTTTg > 1:747250/1‑299 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |