| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,615,567 | A→G | 5.8% | E255G (GAG→GGG) | yneJ → | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,615,567 | 0 | A | G | 5.8% | 245.8 / 3.3 | 81 | E255G (GAG→GGG) | yneJ | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/39); new base G (2/3); total (39/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATACCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATT > NC_000913/1615277‑1615864 | ataCCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATgg < 1:419502/298‑1 (MQ=255) ggAACGGATGATCGTCACGACACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAg < 2:722178/283‑1 (MQ=255) aaCTGATGATCGTCACGCCACAGGGATATGCGCTAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATTGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCGACTTCGAGAGCTAGTTTCATGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCGCGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTaac < 1:157547/298‑1 (MQ=255) atCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTgg < 2:100561/285‑1 (MQ=255) cGTCACGCCACAATGATATGCGCCAGGCAACCGTGCCAGTCAGGTTAATTGCAGTAACATTTACGCCTGCCGCGCCAACTTTTCGTATCGTCGCCACTTCTAGAGCTGGGTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGt < 2:510560/284‑1 (MQ=255) tCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATCGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGGGCAATGGCGTTGGtt > 2:642778/1‑283 (MQ=255) aCGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGCGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCAACAGGTTGAAGCGTGACCGTTAGCTGAGTAATGCCGTTGGTTATCACCCTGGCTGGTCtt > 1:590919/1‑298 (MQ=255) gCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTaacaac < 2:329058/285‑1 (MQ=255) aaGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGCGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACctgac > 2:269192/1‑283 (MQ=255) tggcgcCAGTAACCCGTGCAATGTAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCGACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTc < 2:565919/282‑1 (MQ=255) tcAGGAACCGCTGCCAGTCAGGTTAAGGGCAGTGACATTTATGACGTCCGCGCTAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTTGGTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTTATCGCAGGGGCAGGCATTGCGCTTATGCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTGGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTgg < 2:725801/281‑1 (MQ=255) ccAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTGCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTGTCATGCTGACGGTGGCGCTCCGGGAACTATCCAGGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATGCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGaaa < 2:554676/284‑1 (MQ=255) tCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCAt > 1:947727/1‑299 (MQ=255) cAGGTTAATGGCAGGATCATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTAGCGGCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGt < 2:460664/285‑1 (MQ=255) gTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACATGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTAt > 1:855275/1‑299 (MQ=255) aTGGCAGTAACATTTATTCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTGCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCaa < 1:719729/299‑1 (MQ=255) aTGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCa > 1:350332/1‑298 (MQ=255) tGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTg > 1:429804/1‑299 (MQ=255) gcCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGGGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTACGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCaa < 1:34593/298‑1 (MQ=255) gcCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCaa < 1:483642/298‑1 (MQ=255) gcCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACAAGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGAtgtg > 2:320347/1‑285 (MQ=255) aaTTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCTGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTACGCTCGAGGCATTTATTCACCTGATGGATGTGCCt > 2:577735/1‑285 (MQ=255) ttGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGa < 2:811746/285‑1 (MQ=255) cGTGTCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGAGGCCGCGCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCGCTAAGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGatat < 1:997379/299‑1 (MQ=255) tcggcgCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCGGACGGGGCCGCTCCGGGAACTAGCCATCAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTTATCGCAGGAGCATGCATTGCGCTTCTTCCGCGCTCGATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCGGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCaa < 2:717195/284‑1 (MQ=255) aCTTCGAGAGCTGGTTTCATGCGGACGGGGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGat < 2:609078/285‑1 (MQ=255) cGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTg > 1:511403/1‑299 (MQ=255) agagCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCACCTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAAt > 2:662063/1‑285 (MQ=255) gagCTGGTTTCATGCTGACGGTGCTGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGTAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTACGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGAt < 1:830816/298‑1 (MQ=255) ttccgatctCATGCTGACTGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAg < 1:437055/291‑1 (MQ=255) tGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGtt < 1:770371/298‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |