Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 5.2% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 5.2% | 295.8 / 4.0 | 91 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/47); new base A (2/3); total (40/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 |
GGTCGATTAAGCCATAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTAAAGATATGG > NC_000913/4335361‑4335942 | ggTCGATTAAGCCATAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCtt < 1:347683/298‑1 (MQ=255) tAAGCCATAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 1:296772/299‑1 (MQ=255) cgatcttAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAATGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGc < 1:105620/293‑1 (MQ=255) cATAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCtt < 1:365307/297‑1 (MQ=255) tAAGAAAGAGCGTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCtt < 2:439835/284‑1 (MQ=255) aagaaagaGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAATGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTaa > 2:89793/1‑285 (MQ=255) gaaagaGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAg < 2:597433/284‑1 (MQ=255) aagaGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGttt > 1:31287/1‑298 (MQ=255) tAGTGTCAGGAAGATATTAAACACGCTGAAATCGGCGACCGTCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCATGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGTGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCtttt < 2:686512/285‑1 (MQ=255) gtCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTaa < 1:743819/297‑1 (MQ=255) aagACAATATTAATCACGCTGGAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTATGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTg < 2:609921/283‑1 (MQ=255) gACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCGGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCt > 2:827115/1‑285 (MQ=255) atTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCt > 1:213030/1‑299 (MQ=255) 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tGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTG‑TTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTgg < 1:558810/298‑1 (MQ=255) aGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCa > 1:77121/1‑299 (MQ=255) cGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTg > 2:721143/1‑285 (MQ=255) 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gTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTg > 1:24360/1‑299 (MQ=255) tATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTa > 1:135311/1‑299 (MQ=255) aGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGCTTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTat > 2:224012/1‑284 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |