Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,060,125 | C→A | 6.0% | N290K (AAC→AAA) ‡ | torA → | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,060,125 | 0 | C | A | 6.0% | 256.4 / 3.9 | 76 | N290K (AAC→AAA) ‡ | torA | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/35); new base A (4/2); total (39/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
CGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAAAGCGAAAGTCGCCGCCGGTGAAATTGAGGTCATCAGCATCGATCCGGTTGTCACATCCACCCATGAGTATCTGGGGCGCGAGCATGTGAAGCACATTGCGGTTAACCCGCAAACTGACGTGCCGCTGCAACTGGCGCTGGCACATACGCTGTACAGTGAAAACCTGTACGACAAAAACTTCCTTGCTAACTACTGTGTGGGTTTTGAGCAGTTCCTGCCGTATCTGCTGGGTGAGAAAGACGGTCAGCCGAAAGATGCCGCATGGGCTGAAAAACTGACCGGCATTGATGCCGAAACCATTCGTGGGCTGGCGCGGCAGATGGCGGCGAACAGAACGCAAATTATTGCTGGCTGGTGCGTGCAGCGTATGCAGCACGGTGAACAGTGGGCGTGGATGATT > NC_000913/1059831‑1060419 | cGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAAAGCGAAAGTCGCCGCCGGTGAAATTGAGGTCATCAGCATCGATCCGGTTGTCACATCCACCCATGAGTATCTGGGGCGCGAGCATGTGAAGCACATTGCGGTTAACCCGc > 1:109925/1‑299 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |