New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 734148 = | 72 (0.670) | 5 (0.050) +GCGGATATCCAGATTCGCTGCGGTGGT |
5/404 | 8.5 | 4.6% | pseudogene (16/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family |
? | NC_000913 | 3765205 = | 163 (1.520) | coding (3023/4134 nt) | rhsA | Rhs protein with putative toxin 55 domain; putative polysaccharide synthesis/export protein; putative neighboring cell growth inhibitor | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTA > NC_000913/733865‑734428 | tgtcTCCATTCTTGATGTGTTGTATTTTATTAGTCTCATTTCTTATGGAATGATGGTAATATTGTTTCCAACATGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATc < 2:564771/283‑1 (MQ=255) cACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTa > 1:564771/1‑285 (MQ=255) gTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAGGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTTATATCCCGTATGCca > 2:522706/1‑285 (MQ=255) aGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCgg > 1:121640/1‑286 (MQ=255) atatGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAAACGCCTACACGACCCGGAGCTGCACCCGGAc > 1:721506/1‑285 (MQ=255) tatGTATAGGGACGGTATCATAAATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCt < 2:295732/253‑1 (MQ=255) taGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCa < 1:861715/286‑1 (MQ=255) 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tATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGc < 1:810688/219‑1 (MQ=255) aCATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACGATCTTTACCGGTa > 1:122551/1‑286 (MQ=255) attattGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCTATGGCTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATCTGTAACCTGGGCATTGATATCCTGTATACCTCAGACTCCGCAGGTACTCGCCTGCCCGACCCGCAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATCACCATATCGCCCGTGCCGCGCACTATCTTTACCGGtct > 2:948252/1‑283 (MQ=37) tattGGCGTAAGGCTTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGAATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGAACCGGAGCTGCACCCGGACCGCACCCTCAGCATGTGGGCGGAGAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTa > 1:1063928/1‑276 (MQ=255) tattGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACTGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACgcgc > 2:290494/1‑266 (MQ=255) tattGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACgcgc < 1:290494/266‑1 (MQ=255) tattGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGa > 2:797086/1‑285 (MQ=255) tGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACCATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTg > 1:750498/1‑286 (MQ=255) agtaTATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACGgaga > 1:981489/1‑285 (MQ=255) 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tGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGt < 1:260175/286‑1 (MQ=255) tGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGc < 1:721851/125‑1 (MQ=255) tGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGc > 2:721851/1‑125 (MQ=255) tGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTAc > 2:423117/1‑283 (MQ=255) 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1:1175670/1‑191 (MQ=37) gggCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCa < 2:1175670/191‑1 (MQ=37) ggCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGAGGATGAGCGCACCCACCGGTACAATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGATCAGTACACGCAGCCACAATATACCGACACGCGGGTCGAACGc > 2:334202/1‑285 (MQ=11) aTTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCgg < 1:182199/252‑1 (MQ=35) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |