| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (‑2/+1) | glpR ← / ← glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 94.7% | 317.0 / 4.6 | 94 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base G (37/52); total (39/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTG‑TTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑C‑CA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAA‑CCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAA > NC_000913/3560168‑3560720 | ggCTGCGTATTTCGACACCTGTGGGACTTATGCTAAAAGCTTCTTTGCCCATCAACGTG‑TTGGCAACTCTGGTATTGTTGGTGCAAATGGGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTCCGCTACCGCTTCCGGCGGGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑cg < 2:255905/289‑2 (MQ=255) tAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTG‑TTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTCCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGAGCGTGACACGGCGTGTTAATCGCACTGGAGCGCAGCGCCACACCGCCATG‑AGGG‑CGCA‑GGaac > 2:278472/1‑287 (MQ=255) ccccGGCGAGAATGATGCGAAAATCGTCTTTTACCATCAACGTG‑TTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTg < 1:338876/287‑1 (MQ=255) ggCGAGAATGTTGCGAACACATGCTTGTAACAT‑AAAGTGTTTGGCAACGTGGAGATGGTGGTTGACAATGCGTAAATTGGTGTGATTGCGCAGTGCGCGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGGCCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATGTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑CGCA‑GGATCAGG‑TTTGCTCCg < 2:555149/289‑1 (MQ=255) cgtgaAGGATCCGAAAATCTTCTTTTACCACCAACGTG‑TGAGCACCGTTCAGATTGTGGGTGACAATGCGCAAATTGCTGGGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTGCTCCg < 2:238695/285‑1 (MQ=255) caaTTATGCTAAATTCTTCTTTTACCCTCAACGGC‑TTGGCAACGTTGAGATTGTTGTTGCCACTGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCGGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGTGGTGGTGCCGGTACCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAg < 2:34246/288‑1 (MQ=255) cGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTG‑TTAGCAACGTGTGGATTGGTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGGCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCAtt < 1:426289/287‑1 (MQ=255) 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gTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑C‑GACGGATCCGGTTTTGCGCCGCCCGCTCATTGAGGTCGCGGCCAATAGCCTGCGGCGTGACggtggaa > 2:208507/1‑284 (MQ=255) ttGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAAt > 1:352863/1‑289 (MQ=255) ttGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGATGACGGAGAAAt > 1:457119/1‑289 (MQ=255) 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GGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTG‑TTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATG‑ATGG‑C‑CA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAA‑CCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAA > NC_000913/3560168‑3560720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |