| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 922,314:1 | +C | 5.7% | intergenic (+21/+52) | macB → / ← cspD | macrolide ABC transporter peremase/ATPase/inhibitor of DNA replication, cold shock protein homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 922,314 | 1 | . | C | 5.7% | 522.1 / 25.0 | 122 | intergenic (+21/+52) | macB/cspD | macrolide ABC transporter peremase/ATPase/inhibitor of DNA replication, cold shock protein homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (58/57); new base C (3/4); total (61/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGTGATTGCCTTTTGGCCCCTGGTGGACATCAAACTGAACGGATTGTCCAGCTTTTAGCGTTCTGTAACCATCCATCTGAATGGTGGAATAATGAGCGAAAATATCTTCGCCGCCGCCTTCAGGGCAGATGAAACCAAACCCTTTGGCATTGTTGAACCACTTAACAGTACCCTTTTCCATGCTTCGACATCCTTCGCAAA > NC_000913/922022‑922610 | tGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGTTCGGTGGCGCGTTGAGAATAGCACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATATTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCg < 1:435650/300‑1 (MQ=255) gTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCGCTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGATGGTTACCCGCACGACATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTGTTGAGATAAACATGCCAG‑cc > 2:344455/1‑286 (MQ=255) tGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCCGATC‑GGCTGGCAt < 1:183122/299‑1 (MQ=255) tGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCAtt > 1:234856/1‑300 (MQ=255) gcgAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCAtttt < 1:54025/299‑1 (MQ=255) cgAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTCTTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTg > 1:851849/1‑299 (MQ=255) cgAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTg < 1:649825/299‑1 (MQ=255) 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aaTGCCAGCCCGATC‑GGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGTGATTGCCTTTTGGCCCCTGGTGGACATCAAACTGAACGGATTGTCCAGCTTTTAGCGTTCTGTAACCATCCATCTGAATGGTGGAATAATGAGCGAAAATATCTTCGCCGCCGCCTTCAGGGCAGATGAAACCAAACCCTTTGGCATTGTTGAACCACTTAACAGTACCCTTTTCCATg > 2:123995/1‑285 (MQ=255) aTGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGTGATTGCCTTTTGGCCCCTGGTGGACATCAAACTGAACGGATTGTCCAGCTTTTAGCGTTCTGTAACCATCCATCTGAATGGTGGAATAATGAGCGAAAATATCTTCGCCGCCGCCTTCAGGGCAGATGAAACCAAACCCTTTGGCATTGTTGAACCACTTAACAGTACCCTTTTCCATGCTTCGACATCCTTCGc < 1:179486/300‑1 (MQ=255) ccAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGTGATTGCCTTTTGGCCCCTGGTGGACATCAAACTGAACGGATTGTCCAGCTTTTAGCGTTCTGTAACCATCCATCTGAATGGTGGAATAATGAGCGAAAATATCTTCGCAGCCGCCTTCAGGGCAGATGAAACCAAACCCTTTGGCATTGTTGAACCACTTAACAGTACCCTTTTCCATGCTTCGACATCCTTCGCaaa > 1:31451/1‑300 (MQ=255) | TGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAG‑CCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGGCACAATAACACTGGCGTGATTGCCTTTTGGCCCCTGGTGGACATCAAACTGAACGGATTGTCCAGCTTTTAGCGTTCTGTAACCATCCATCTGAATGGTGGAATAATGAGCGAAAATATCTTCGCCGCCGCCTTCAGGGCAGATGAAACCAAACCCTTTGGCATTGTTGAACCACTTAACAGTACCCTTTTCCATGCTTCGACATCCTTCGCAAA > NC_000913/922022‑922610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |