| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,962,561 | G→A | 5.7% | N68N (AAC→AAT) ‡ | ppdC ← | putative prepilin peptidase‑dependent protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,962,561 | 0 | G | A | 5.7% | 347.2 / 7.1 | 105 | N68N (AAC→AAT) ‡ | ppdC | putative prepilin peptidase‑dependent protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/48); new base A (3/3); total (54/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAACTCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCCTCTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTCCATCAATGACTTCGCCTGTTCGCC > NC_000913/2962264‑2962849 | aCCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAACTCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGCAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTTGGTTGACCTCCCAGtt > 1:406459/1‑300 (MQ=255) cAAACTTTTGCGACAGGGTCAGTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAACTCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTgg < 1:208773/300‑1 (MQ=255) aaaCTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAACTCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAACTGGc < 1:537757/300‑1 (MQ=255) ttttGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAACTCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGt < 1:204195/300‑1 (MQ=255) 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cgatttcgccaCCTGCCAACTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCCTCTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTc > 2:403518/11‑283 (MQ=255) gcGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGGAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCAGCACCATCAACACCATCGCCAACAGTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCC‑CTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTCCATCAAt < 2:701181/285‑1 (MQ=255) gccaCCTGCCAACTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCCTCTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTCCATCAATGACTTCGCCTGTTCGcc > 1:339237/4‑300 (MQ=255) gcaaCCTGCCAACTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCCTCTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTCCATCAATGACTTCGCCTGTTCGc > 1:45914/4‑299 (MQ=255) gTTGGCAGGTGGCGAAATGGGGCGGAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCCTCTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTCCATCAATGACTTCGCCTGTTc < 2:1002712/286‑1 (MQ=255) gTTGGCAGGGGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGGCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCCTCTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTCCATCAATGACTTCGCCTGTTc < 2:952898/286‑1 (MQ=255) | ACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAACTCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTTGATTCTTCAGGGAAGCTGACATAACGCCCTCTCTTTCAGCGGACAAAAATCGCTCCAGCCGCGTGGCGAAAAAACAATGTTTCCATCAATGACTTCGCCTGTTCGCC > NC_000913/2962264‑2962849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |