New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1411899 = | 111 (1.010) | 4 (0.040) | 4/476 | 11.1 | 4.7% | coding (50/936 nt) | ttcA | tRNA s(2)C32 thioltransferase, iron sulfur cluster protein |
? | NC_000913 | = 1434958 | 63 (0.630) | pseudogene (51/51 nt) | ttcC | pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGAA > NC_000913/1434671‑1435242 | tatGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATCTTTATTAAGAAGAGCATTGTGATTTTTGCCCTTACt > 2:901657/1‑289 (MQ=255) tatGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGAATTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTCTCGGGGGCAAAAATGGGGCAAAACGATGCAGAAGGCGCGAAAAAGGGGCAAATAAATCGTGGA‑GTATCGTAGACTATGGTTGTCGCTGCTGCTATTTAACACATTGAAAATTAAGTAAACTACTTCGGATTCATAAAGGTGTGATTTTTCTCCTTAcg > 2:338227/1‑288 (MQ=25) tttGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTCACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCATAGAGTTGTGATTTTTGCACTTACTTGTTCa > 1:996348/1‑289 (MQ=255) tttGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATAATTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCa > 1:505471/1‑289 (MQ=255) tGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAGGGGGCAAAAACAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTCTTTTTGTCGCTGATGATATTTATCACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTAGTAGTCCGAGAGTTGTGTTTTTTGCCCGTACTTGTTCAgt > 2:986221/1‑288 (MQ=39) tGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGCTGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGGTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAgg > 1:437044/1‑289 (MQ=255) tGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAgg > 1:774457/1‑289 (MQ=255) 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tATGAAAGAACGGTCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGATACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTatat < 1:507356/289‑1 (MQ=255) gAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGTTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATATTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCTTTACTTGTTAAGTTTGTATTGTTCTTTCTTATTATTTTTTTGTTTTTGCGACATTTAAAAGCGCCTAAATTCGTTATATGGCATCa > 1:858140/1‑289 (MQ=255) aatttgctgaTGTTTGTTTGACTTGGATTTGTACGTGTTGGAATTTGTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGTGGAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑GTATCGTAGCGTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCag < 2:766808/285‑1 (MQ=255) 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2:990011/174‑1 (MQ=255) tttGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCg > 1:660472/1‑216 (MQ=255) ggCAAAACGCGGAAAAAGGGGTAAAAAAGGGTCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATAGTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTa < 2:384004/288‑1 (MQ=255) aaaagatGCAAAAGGGGTAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGA‑TTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGGAAAATTCTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTGTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTGCTTTCTTACTAATGTCTGGATTTTGCGACATTGAAACGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTa < 2:223943/283‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |